Op Borisovs trouwdag op de troon berekenen de boyars de vruchten van zijn regering: de onderdrukte pest, de voltooide oorlogen en de gewassen. Ze zijn verbaasd over hoe lang Godunov hem moest overhalen om de macht te grijpen, en alleen de dreiging van excommunicatie dwong hem daartoe. Boris komt terug van de kathedraal, met de bedoeling ambassadeurs te ontvangen. Voeikov kondigt de overwinning op de Siberische Khan aan. De Engelse ambassadeur biedt de bruid aan Tsarevich Fedor aan; pauselijke nuntius - een akkoord over de eenmaking van kerken; Oostenrijkse, Litouwse, Zweedse, Florentijnse ambassadeurs vragen respectvol iemand om hulp met geld of troepen, voor erkenning van hun bezittingen. De Perzische en Turkse ambassadeurs beschuldigen elkaar van het aanvallen van Iberia, de ambassadeur van de Iberische koning vraagt om bescherming. De tsaar geeft aan iedereen een passend antwoord, vol waardigheid en kracht, en beveelt iedereen de koninklijke vertrekken binnen te laten ("Er is geen barrière tussen het Russische volk en de tsaar!"). Alleen gelaten, zegeviert Boris en herinnert zich de dood van de prins en besluit: dan de onvermijdelijke prijs voor de grootsheid van de staat. Kort daarna, terwijl ze in de kloostercel wacht tot Irina haar haar laat knippen, luistert Boris naar de rapporten van Semyon Godunov aan de Romanovs, die niet blij zijn met de annulering van St. George's Day; tegen Vasily Shuisky, een slimme en onbetrouwbare dienaar, maar vol vertrouwen in zijn kracht, wil hij niemand straffen. Irina verschijnt en Boris, die haar herinnert aan zijn aarzelingen op weg naar de macht, vraagt hem te rechtvaardigen en toe te geven dat de welvaart van Rusland de onwaarheid waard is waardoor hij koning werd. Irina, die zijn koninkrijk goedkeurt, eist dat hij zijn schuld niet vergeet en zichzelf niet vergeeft. Vertrokken met hun eigen, ze scheiden.
In het paleis luisteren de kinderen van Boris, Fyodor en Xenia naar de verhalen van Christian, de Deense hertog, Xenia's verloofde - over een harde jeugd, over naar de rechtbank terugkeren, over gevechten in Vlaanderen met de Spaanse troepen, maar wanneer Fedor klaagt over zijn luiheid, merkt Christian op dat zijn positie, die hem in staat stelt om onder een wijze soeverein de heerschappij te studeren, is veel waardevoller. Christian vertelt hoe hij van Ksenia hield volgens de verhalen van ambassadeurs, kooplieden en gevangenen, die samen met de grootsheid van Rusland de schoonheid, intelligentie en zachtmoedigheid van de prinses verheerlijkten. Ze beginnen over Boris te praten en iedereen is het eens in liefde voor de tsaar, die zichzelf vergeet voor de glorie en het welzijn van de staat. Alle drie zweren ze elkaar te helpen. Christian vraagt Boris, die in geval van oorlog de Russische troepen de leiding heeft gegeven, maar de tsaar wordt ontmoedigd door de vrede die al jaren heerst. De kinderen vertrekken en Semyon Godunov, die is gekomen, kondigt een gerucht aan over de wonderbaarlijk geredde prins Dimitri. In haar kamers vraagt Tsarina Maria Grigoryevna de klerk Vlasyev naar Christian en, hoe Juliet Vlasyev ook is, er wordt vastgesteld dat er een gevoel was dat de koning niet zijn vader was, en dat zijn oudere broer, die nu regeert, hem niet mag. Ze doet geen belofte van de klerk om te getuigen van Boris, belt Dementyevna en leert met toenemende irritatie dat Ksenia bij haar broer en bruidegom zat, en de tsaar verwelkomt nieuwe gebruiken. De Tsarina die naar Volokhov kwam, klaagt dat Boris Ksenia voor de Duitsers heeft gegrepen zonder het haar te vragen, en de Duitsers hebben de prinses blijkbaar aangezet. Volokhov verbindt zich ertoe de kracht van de christen te goddelijk te maken en te verbrijzelen ("Er is zo'n wortel"). In het bos, in het roverskamp, accepteert Ataman Khlopko een nieuwe aanvulling van de boeren, vervloekend Boris en de afschaffing van St. George's Day. Er verschijnt een Posadsky die, zonder enige angst, eist om zijn metgezellen die op de weg van Moskou zijn gevangengenomen door een roverswacht, te bevrijden en het ware nieuws meldt over de verschijning van Tsarevich Dimitri. Posadsky verslaat Khlop om naar Bryansk te gaan en daar, na de troepen van de Tsarevitsj te hebben lastiggevallen, vergeving te ontvangen en Godunov te bevechten. Mitka verschijnt en sleept twee weggelopen monniken mee, Mikhail Povadin en Grishka Otrepyev, die vragen zich bij het katoenleger aan te sluiten. Wanneer Posadsky, nadat hij de overvallers heeft geamuseerd door met Mitka te vechten en bevolen vaten wijn uit te rollen, plotseling verdwijnt, blijkt dat de monniken die met hem liepen niet weten wie hij is.
Boris moet toegeven dat de opkomst van een nieuwe vijand hem op een bloederig pad heeft geduwd. Semyon Godunov, belast met het achterhalen van wie zich verschuilt achter de naam Demetrius, zegt dat hij niets wist ten koste van marteling. Ze zoeken de naam van Grishka Otrepyev, een voortvluchtige wondermonnik, om de vijand op de een of andere manier te hernoemen. Boris beveelt de spionnen te vermenigvuldigen en bewijsmateriaal over de Romanovs te vinden en bovendien, als gevolg van de aanhoudende honger, de schatkist aan het volk uit te delen, met het bevel hem niet naar de fabels over de prins te luisteren. Tsarevich Fedor vraagt hem naar de troepen te sturen, Tsarevna Ksenia betreurt de verandering in Boris en zijn wreedheid; Een christen vraagt of Boris zeker is van de dood van de Tsarevitsj en herhaalt geruchten. De kinderen vertrekken, verschijnt de koningin, vol bijtend en geïrriteerd naar de christen, terwijl ze met de kinderen vertolkt over de "koning". De koning blijft doof voor haar verzoek om de christen weg te sturen. Semyon Godunov rapporteert over de snelle opmars van de verraders, over de overdracht van troepen aan hen en over het hardnekkige verzet van Basmanov. Vasily Shuisky nodigt Boris uit om zelf naar de troepen te gaan of om de bruidsschatkoningin te laten getuigen van de dood van zijn zoon. Nadat Boris Shuisky had opgedragen talen te scheuren voor degenen die geruchten verspreidden, stuurt Boris Dimitry naar zijn moeder. In het huis van Fedor Nikitich Romanov drinken de boyars Romanovs, Sitsky, Repnin en Cherkassky voor de prins. Shuisky arriveert, rapporteert over Boris 'bestelling, wordt ondervraagd over zijn zoektocht in Uglich, antwoordt hij vaag. Semyon Godunov met boogschutters, die het publiek ervan beschuldigd heeft de soeverein met vergif te hebben vergiftigd, neemt iedereen in hechtenis en ontslaat Vasily Shuisky om een verhoor uit te voeren. Boris, die alleen nadenkt over een vervulde voorspelling ('Gedood, maar levend'), die naar Shuisky kwam, beval het Forefront te verklaren dat hij zelf het lijk van de tsaar in Uglich had gezien. Ondertussen dringen adviseurs Christian aan met de uitleg dat hij moet weigeren met Xenia te trouwen, dat Boris zichzelf met angst heeft verraden, dat Ksenia de dochter is van een slechterik en een dienaar. Christian, die de naderende duizeligheid voelt en in de schuld van Boris gelooft, weet niet wat hij moet beslissen. Ksenia komt, en hij, verward in woorden en gedachten, spreekt over de onvermijdelijke scheiding en roept haar dan op om voor hem weg te lopen van de moordende vader. Fyodor, die stilletjes is binnengekomen, komt op voor zijn vader, ze gaan vechten, Ksenia, huilend, herinnert aan de eed die aan elkaar is gegeven. Christian is enthousiast, en aangezien hij ziek is, leiden Ksenia en Fedor hem weg.
Op het Rode Plein luisteren detectives naar gesprekken tussen mensen die van het requiem naar Tsarevich Dimitri lopen (het anathema van Grishka werd daar verkondigd). Detectives provoceren en interpreteren de spraak op een manier die bij hen past, grijpen bijna iedereen achter elkaar. Vasily Shuisky van de plaats van uitvoering houdt een dubbelzinnige toespraak over de oprukkende vijand en vertelt over de zoektocht in Uglich, zodat het onduidelijk blijft wie de vermoorde baby was. Rond deze tijd besluit de moeder van de prins uit het klooster, nu de non Martha, wachtend op Boris en wil wraak, de bedrieger als een zoon te erkennen; ze zegt dat ze haar dode zoon niet heeft gezien, omdat ze haar gevoelens heeft verloren, en bij de herdenkingsdienst bedekten tranen haar ogen. Nu hij gehoord heeft van de tekenen van de Tsarevich die verscheen, geeft hij toe dat hij op wonderbaarlijke wijze gered en levend was. Tsaritsa Maria Grigoryevna, die bedrog wil veroordelen, introduceert Volokhov. Het verdriet dat Martha in haar greep had toen ze de moordenaar van haar zoon zag, verraadt haar, maar ze weigert de dood van Demetrius in het openbaar toe te geven. Al snel rapporteert de dokter aan Boris over de verslechtering van de gezondheid van Christian en over zijn onmacht. Semyon Godunov brengt een brief van Dimitry Ioannovich waarin Boris het meest depressief is van de beloofde genade in het geval van een vrijwillige troonsafstand van de troon, en dus het vertrouwen van de dief in universele steun. Boris eist een kortharige Kleshnin om zeker te zijn van de dood van de prins. Zijn naam is christen en hij informeert Xenia en Fedor al snel over zijn dood.
Twee wachtposten, die een nachtwaker in de troonzaal dragen, verstoppen zich van angst wanneer de slapeloze Boris verschijnt. Iemand stelt zich iemands beeld op de troon voor, en als hij de wachtposten vindt, stuurt hij ze om te controleren wie daar zit. Semyon Godunov brengt Kleshnin, die de dood van Demetrius bevestigt, herinnert eraan dat de door de magiërs voorspelde regeerperiode van Borisov ten einde loopt, nodigt hem uit om zich te bekeren en naar het klooster te vertrekken. 'S Morgens, na van Basmanov te hebben ontvangen die informatie ontving over een gedeeltelijke overwinning op de' dief ', vertelt Boris Fedor over de noodzaak om te trouwen met de troon en over de eed waartoe de boyars zullen worden gebracht. Fedor verlaat de troon, want hij weet niet zeker of de "dief" Demetrius niet is. Boris biedt zinvol aan om Fedor het onbetwistbare bewijs van de dood van de Tsarevitsj te presenteren, en hij, die de misdaad van zijn vader heeft begrepen, weigert met afschuw bewijs en verklaart dat hij de kroon zal accepteren. In de eetkamer, wachtend op Basmanov en de tsaar, vervloeken de boyars beide en wisselen ze nieuws uit over de "prins". Basmanov komt binnen en klaagt over zijn ongepaste excommunicatie. Boris verschijnt met de kinderen. Boris beloont Basmanov. De jongens, die het verdriet van Xenia opmerken, hebben medelijden met haar en vragen zich af wat ze met haar moeten doen, 'als hij naar het koninkrijk komt'. Boris eist een eed van trouw aan Fedor en de goedkeuring van deze eed in de kathedraal, verliest kracht en valt. Met algemene verwarring verklaart hij dat de doodsoorzaak niet door gif is, maar door verdriet aan de boyars wordt nagelaten een eed af te leggen, herinnert hij zich dat "alleen het kwaad uit het kwaad zal worden geboren", en verklaart Fedor tot koning en vertrekt.
