In het huis van Ivan Petrovich Shuisky, in aanwezigheid van vele geestelijken en enkele jongens, besluiten ze om Fyodor Ioannovich te scheiden van de tsarina, de zus van Godunova, dankzij wie Boris naar alle waarschijnlijkheid wordt gehouden. Ze verzinnen een krant, waarin ze de koning herinneren aan de onvruchtbaarheid van de koningin en de kindertijd van Demetrius en hem vragen een nieuw huwelijk aan te gaan. Golovin hint naar Shuisky over de mogelijkheid om Demetrius in de plaats te stellen van Fedor, maar krijgt een strenge afwijzing. Prinses Mstislavskaya neemt gasten mee en drinkt de gezondheid van Fedor. Shakhovsky, bruidegom van Mstislavskaya, matchmaker Volokhov noemt de plaats van geheime ontmoeting. Ivan Petrovich stuurt een petitie naar de Metropolitan en betreurt de noodzaak om de koningin te vernietigen. Fedyuk Starkov, zijn butler, doet verslag van wat Godunov heeft gezien. Na van Uglich informatie te hebben ontvangen over de relatie van Golovin met Nagimi en een bedreiging voor zijn macht te zien, kondigt hij aan zijn aanhangers, Lup-Kleshnin en prins Turenin, het besluit aan om zich met Shuisky te verzoenen. Fyodor arriveert en klaagt over een paard met bok. Koningin Irina verschijnt, die Fedor ondeugend rapporteert over de schoonheid Mstislavskaya, die hij in de kerk zag, en verzekert de koningin onmiddellijk dat ze mooier voor hem is dan alle anderen. Godunov spreekt van een verlangen om zich met Shuisky te verzoenen, en de tsaar neemt graag de zaak op.
Fedor kondigt zijn voornemen aan om Godunov met Shuisky te verzoenen en vraagt om hulp van Metropolitan Dionysius en andere geestelijken. Dionysius beschuldigt Godunov ervan de kerk te onderdrukken, mild te zijn voor ketters en de belastinginning te hervatten waaruit de kerk was bevrijd. Godunov overhandigt hem beschermende brieven en bericht over de vervolging van de ondernomen ketterij. De koning vraagt steun van Irina en de boyars. Onder begeleiding van populair enthousiasme komt Ivan Petrovich Shuisky. Fedor verwijt hem dat hij de Doema niet heeft bezocht, Shuisky wordt ontmoedigd door de onmogelijkheid om in te stemmen met Godoenov. Fyodor herinnert zich de Schrift en roept geestelijken op voor getuigen, spreekt over de voordelen van verzoening en Godoenov, gehoorzaam aan hem, biedt Shuisky toestemming. Shuisky verwijt hem dat hij de staatscontrole niet wil delen, wat John heeft nagelaten aan vijf boyars: Zakharyin (overleden), Mstislavsky (krachtig onderdrukt), Belsky (verbannen), Godunov en Shuisky. Godoenov, die zichzelf rechtvaardigt, spreekt van Shuisky's arrogantie, dat hij de enige macht gebruikte ten voordele van Rusland, wat ook bewezen wordt door; hij voegt eraan toe dat de moeilijke taak om een gefrustreerde staat op orde te krijgen gewoon Shuysky was. En wanneer Ivan Petrovich zijn supporter Metropolitan roept, rapporteert hij over de acties van Godunov ten gunste van de kerk en overtuigt Shuisky tot vrede. Irina, die haar geborduurde hoes voor het Pskov-heiligdom laat zien, geeft toe dat dit haar gebedsgelofte is voor de redding van Shuisky, ooit belegerd door Litouwers in Pskov. Een opgewonden Shuisky is klaar om zijn vroegere vijandschap te vergeten, maar eist van Godunov veiligheidsgaranties voor zijn medewerkers. Godunov vloekt en kust het kruis. Ze nodigen de uitverkorenen uit de door Shuisky meegebrachte menigte uit. Fyodor spreekt met de oude man en weet niet hoe hij hem moet stoppen, in zijn neef herkent hij de koopman Krasilnikov, die hem onlangs amuseerde met een berengevecht, herinnert hij zich zijn broer Golub, die Shakhovsky met vuisten versloeg - Godunov en Shuisky slaagden er niet onmiddellijk in om de tsaar terug te geven aan waar de kiezers om vroegen . Shuisky kondigt een verzoening met Godunov aan, de kooplieden maken zich zorgen ("U verzoent onze hoofden"), Shuisky is geïrriteerd door zijn wantrouwen jegens de persoon die zojuist aan het kruis heeft gezworen. Kooplieden vragen om bescherming van Godunov, de koning, maar hij stuurt ze naar Boris. Boris beveelt stilletjes de namen van de kooplieden op te schrijven.
'S Nachts wachten in de tuin van Shuysky Princess Mstislavskaya en Vasilisa Volokhova op Shakhovsky. Hij komt, praat over liefde, over het ongeduld waarmee de bruiloft wacht, lacht haar en maakt grapjes met haar. Krasilnikov komt aanrennen, laat binnen, Shakhovsky verbergt, roept Ivan Petrovich op en meldt dat iedereen die bij de tsaar was, gevangen is genomen door de opdracht van Godunov. Geschokt Shuisky beveelt Moskou om op te stijgen naar Godoenov. Had een hint over Dimitri Golovin, sneed hij abrupt af en, terwijl hij zei dat Boris zichzelf had misleid, ging hij naar de tsaar. De overgebleven boyars bespreken ondertussen de petitie, op zoek naar een nieuwe koningin. Vasily Shuisky noemt prinses Mstislavskaya. Haar broer besloot niet meteen en wilde op zijn minst een reden vinden voor een ruzie met Shakhovsky. Terwijl hij aarzelt, schrijft Golovin de naam van de prinses in de petitie. Shakhovskaya verschijnt en verklaart dat ze de bruid niet zal opgeven. De prinses en Volokhova worden ook gevonden. Met een algemene kreet, wederzijdse bedreigingen en verwijten, pakt Shakhovskaya een brief en rent weg. Godunov presenteert aan de staatspapieren van de tsaar, waar hij niet op ingaat, maar hij stemt in met de beslissingen van Boris. Tsarina Irina spreekt van een brief van Uglich van de weduwe-koningin met het verzoek om met Dimitri terug te keren naar Moskou. Fyodor vertrouwde de zaak aan Boris toe, maar Irina eiste van hem de oplossing van de 'familieaangelegenheid'; Fedor maakt ruzie met Boris en is geïrriteerd door zijn vasthoudendheid. Shuisky komt, klaagt over Godunov. Hij ontgrendelt niet, omdat hij uitlegt dat de kooplieden niet voor het verleden werden meegenomen, maar omdat ze probeerden de wereld tussen hem en Shuisky van streek te maken. De tsaar is klaar om Godoenov te vergeven, in de overtuiging dat ze elkaar gewoon niet begrepen, maar de meedogenloze eis om de prins in Oeglitsj te verlaten, is uiteindelijk boos op de tsaar. Godunov zegt dat hij plaatsmaakt voor Shuisky, Fedor smeekt hem te blijven, Shuisky, gewond door het gedrag van de tsaar, vertrekt. Kleshnin brengt de brief van Golovin Nagim die vanuit Uglich is gestuurd, en Godunov toont hem aan de tsaar, waarin hij eist dat Shuisky in hechtenis wordt genomen en mogelijk wordt geëxecuteerd. Bij falen dreigt hij te vertrekken. Geschokte Fedor na lange aarzeling weigert de diensten van Godunov.
Ivan Petrovich Shuisky-consoles Prinses Mstislavskaya: hij staat haar niet toe met de tsaar te trouwen en hoopt dat Shakhovskaya hen niet zal informeren. Hij zendt naar de prinses en accepteert de boyars en de voortvluchtigen Krasilnikov en Dove, en, uitgaande van de verwijdering van de verarmde Fedor en de troonsbestijging van Demetrius, definieert hij ieders taken. De vervreemde Godoenov, die thuis zit, vraagt Kleshnin naar Volokhova en herhaalt vaak, "zodat ze de prins hoer". Kleshnin stuurt Volokhov naar UGLICH, een nieuwe moeder, beveelt hem om beschermd te worden, en geeft aan dat als de prins die aan een padie lijdt, zichzelf zal doden, ze het haar niet zullen vragen. Ondertussen kan Fedor de aan hem gepresenteerde papieren niet achterhalen. Kleshnin arriveert en meldt dat Boris door frustratie ziek werd en Shuisky moet onmiddellijk worden opgesloten omdat hij van plan was Demetrius op de troon te verheffen. Fedor gelooft niet. Shuisky komt binnen, tot wie Fedor spreekt van een aanklacht en hem vraagt om zichzelf te rechtvaardigen. De prins weigert, benadrukt de koning, dringt Kleshnin aan. Shuisky bekent de opstand. Fyodor, bang dat Godunov Shuisky zou straffen wegens verraad, verklaart dat hij zelf bevolen heeft de prins op de troon te zetten en de geschokte Shuisky uit de kamer te verdrijven. Shakhovskaya stormt de koninklijke vertrekken binnen en vraagt hem de bruid terug te geven. Fedor, die de handtekening van Ivan Petrovich Shuisky heeft gezien, huilt en luistert niet naar Irina's argumenten over de absurditeit van de krant. Hij beschermt Irina tegen beledigingen en ondertekent de bestelling van Borisov, wat haar en Shakhovsky angst aanjaagt. Op de brug over de rivier maakt de oude man rellen voor Shuisky, de huzaar zingt over zijn moed. Een boodschapper rijdt met het nieuws van de opmars van de Tataren. Prins Turenin met boogschutters leidt Shuisky naar de gevangenis. Het volk, neergedreven door de oude man, wil Shuisky bevrijden, maar hij spreekt over zijn schuld tegenover de 'heilige' koning en dat ze straf verdienen.
Kleshnin meldt aan Godunov dat de Shuiskys en hun aanhangers gevangen zitten en stelt Vasily Ivanovich Shuisky voor. Hij draait de zaak om alsof hij een petitie voor het welzijn van Godoenov is begonnen. Godunov begrijpt dat Shuisky in zijn handen is en laat hem gaan. Tsarina Irina komt voorbede voor Ivan Petrovich. Godoenov, die beseft dat Shuisky niet zal ophouden met ruzie met hem te maken, is onvermurwbaar. Op het plein voor de kathedraal spreken bedelaars over een verandering in de metropool die verwerpelijk is voor Godoenov, over de executie van kooplieden die achter Shuisky stonden. Tsarina Irina leidt Mstislavskaya om Shuisky te vragen. Fedor komt uit de kathedraal en heeft een requiem gediend voor tsaar Ivan. De prinses rent aan zijn voeten. Fedor stuurt prins Turenin naar Shuisky. Maar Turenin meldt dat Shuisky zichzelf 's nachts heeft gewurgd, zichzelf de schuld geeft van het over het hoofd zien (omdat hij de door Shakhovsky naar de gevangenis gebrachte menigte afsloeg en alleen afsloeg door Shakhovsky neer te schieten). Fedor stormt op Turenin af, beschuldigt hem ervan Shuisky te hebben vermoord en bedreigt hem met executie. De boodschapper brengt een brief van Uglich over de dood van de prins. De geschokte koning wil zelf de waarheid achterhalen. Er komt een bericht over de nadering van de Khan en een vroege belegering van Moskou. Godunov biedt aan om Kleshnin en Vasily Shuisky te sturen, en Fedor heeft vertrouwen in de onschuld van Godunov. Prinses Mstislavskaya zegt dat ze van plan is haar haar te laten knippen. Fyodor gaat, op advies van zijn vrouw, de hele regeringslast overdragen aan Boris en, herinnerend aan zijn voornemen om 'alles af te spreken, alles glad te strijken', rouwt om zijn lot en zijn koninklijke plicht.