Er zijn drie verhaallijnen in de roman: 1e - het verhaal, dat wordt uitgevoerd namens de engel Agasfera, wiens naam "Geliefde van God" betekent; 2e - een verhaal over het levenspad van Paulus von Eicen, een jongere tijdgenoot van Martin Luther; 3e - correspondentie tussen professor Siegfried Byfus, directeur van het Instituut voor Wetenschappelijk Atheïsme in Oost-Berlijn (DDR) en professor Johanaan Leuchtentrager van de Hebreeuwse Universiteit van Jeruzalem.
De onsterfelijke geesten Agasfer en Lucifer, door God geschapen op de eerste dag, worden uit de hemel geworpen omdat ze weigeren te buigen voor Adam, die voor hun ogen werd geschapen uit het stof en de vier elementen. Hun wegen lopen uiteen, voor Agasfer, in tegenstelling tot Lucifer, die verlangt naar de volledige vernietiging van alles wat is gemaakt, hoopt dat de wereld kan worden veranderd. Vanaf nu is hij gedoemd om over de aarde te zwerven tot het laatste oordeel.
Agasfer probeert de Rebbe Yeshua, die gelooft dat hij de Zoon van God is, die de liefde en gunst van de Vader heeft verdiend, te overtuigen dat God, de Schepper van het Universum, niet de God van liefde is. Als Yeshua werkelijk de Zoon van God is, dan moet hij deze wereld veranderen, vol wreedheid en niet gerechtigheid. Maar Yeshua weigert met God te vechten en zijn koninkrijk op aarde te vestigen: hij is ervan overtuigd dat liefde sterker is dan het zwaard, klaar om een tot slachting gedoemd offer te worden en de zonden van de wereld op zich te nemen.
Agasfer weet alles wat Yeshua verwacht: het verraad van Juda, oordeel, kruisiging, dood en opstanding, waarna hij zal opstijgen naar God. Maar dit, zoals Agasfer zeker weet, zal niets veranderen in de wereld die zo verstandig is gerangschikt. Agasferus ontmoet Lucifer, die, spelend op de hebzucht van Judas Iscariot, hem inspireert om zijn leraar te verraden, als hij zelf wil dat Judas hem verraadt. Agasfer verwijt Yeshua passiviteit en voorspelt dat na zijn dood de leringen verdraaid zullen worden en dat ze in naam van liefde wreedheid en onrecht zullen bedrijven. De laatste keer dat Agasfer Yeshua overhaalt om de leider en koning van Israël te worden, wanneer hij het kruis naar Golgotha draagt en wil rusten aan de poorten van Agasfer's huis. Agasfer verbergt het vuurzwaard van God onder zijn kleren, hij is bereid hem op te heffen omwille van de lijder en zijn vijanden te verstrooien, maar hij wil de beker die de Vader hem heeft gegeven volledig drinken. Agasfer, woedend over zijn koppigheid, jaagt Yeshua weg en hij vervloekt hem, zeggende dat hij, Agasfer, van nu af aan zal moeten wachten op de terugkeer van de Mensenzoon.
Lucifer overtuigt Agasfera ervan om naar Yeshua te gaan en hem te vragen wat hij bereikt heeft door de zonden van de wereld op zich te nemen, want de wereld werd niet beter na zijn martelaarschap. Agasfer schendt de hemelse vrede van de Mensenzoon en roept hem ter verantwoording, maar hij beweert nog steeds dat de waarheid in God ligt, hoewel Agasfer ziet dat zijn geloof in de wijsheid en gerechtigheid van de Vader door elkaar wordt geschud.
Agasfer en Yeshua gingen op zoek naar God. Ze dwalen door de uitgestrektheid van Sheol en ontmoeten een oude ouderling die in het zand de letters van het Boek des Levens schrijft, en de wind blaast ze onmiddellijk weg. Deze oude man is God. Hij is al lang teleurgesteld in zijn schepping: het leeft volgens zijn eigen wetten en er is geen manier om iets te veranderen in deze vreselijke wereld, die zelfs voor hem, zijn Schepper, onherkenbaar is geworden. De Mensenzoon is verontwaardigd over het feit dat de Vader hem naar het kruis heeft gestuurd, omdat hij van tevoren wist dat het tevergeefs zou zijn. De Mensenzoon gaat ten strijde op heilige grondslagen en Armageddon, de laatste strijd op aarde, begint. Vier ruiters, genaamd Vuur, Oorlog, Honger en Dood, volgen de Mensenzoon, gevolgd door horden Gog en Magog en de engelen van de afgrond, op de zesde dag van de schepping neergeworpen uit de hemel, samen met Lucifer en Agasphere, en voor hen staat een beest van ongeveer zeven koppen en tien hoorns, wiens naam Antichrist is.
Lucifer en Agasfer bekijken de voorbereidingen voor de strijd. De sterren vallen uit de lucht en openen de fonteinen van de afgrond, de hele aarde brandt, mensen verstoppen zich in grotten en bergkloven, maar zelfs daar overvalt de dood hen. De Mensenzoon steekt met zijn leger de hemel over en stijgt hoger op zoek naar een nieuw Jeruzalem, gebouwd van jaspis en puur goud, maar het is nergens te vinden. Als zijn leger begint te murmureren. De Mensenzoon verklaart dat God was verslagen en gevlucht, en dat Hij, de Mensenzoon, voortaan God werd en een nieuwe hemel en een nieuwe aarde zal creëren, een koninkrijk van liefde en gerechtigheid, waar de mens geen vijand van de mens zal zijn. Maar iedereen lacht om de naïeve woorden van de Mensenzoon: de vier ruiters, Gogi en Magogi, en alle zeven hoofden van de Antichrist. Het helse gelach van Lucifer wordt gehoord en dezelfde oude man verschijnt die het Boek des Levens schreef. De Mensenzoon probeert hem met een zwaard te doden, maar de oudste vertelt hem dat de Zoon de gelijkenis van de Vader is en onafscheidelijk van Hem is. De oudste wordt zo groot dat alles wat in zijn rechterhand past, zijn naam, de geheime naam van God, uitspreekt. In de ogen van Agasfera, die dit tafereel observeert, verdwijnt alles: onder de omringende leegte - alleen de figuur van de Rebbe Yeshua, zwak en uitgeput. Agasfer lacht in de verte: dit is alles wat overblijft van Lucifer, de Heer van de afgrond en de grote strijder voor orde. Agasfer en Yeshu 'vallen in de afgrond, die zowel ruimte als tijd is, en er is noch boven noch onder, alleen stromen van deeltjes - nog niet gescheiden licht en duisternis. Agasfer en de Mensenzoon versmelten in liefde en worden één, en sindsdien God is één met zijn Zoon, dan wordt Agasfer één met Hem: 'één wezen, één grote gedachte, één droom'.
Studiosus Paulus von Eicen, die naar Wittenberg reist om bij Luther en Melanchthon te studeren, maakt kennis met een zekere Hans Leuchtentrager (de betekenis van de Duitse achternaam Leuchtentrager is identiek aan de betekenis van de naam Lucifer: licht dragen, lichtdrager), wat zijn constante metgezel wordt en waardevol advies Eicens hele leven. Met dank aan Hans, die alle geheimen van magie kent; lui en kortzichtig, maar ambitieus Eicen slaagt voor examens, wint het vertrouwen en de steun van Luther en wordt een pastoor. Hij maakt carrière zonder na te denken over waarom Hans voor haar zorgt en welke doelen hij nastreeft. De mysterieuze figuur van de Eeuwige Jood, of Agasfera, die steevast de hebzuchtige en wellustige Eicen verlaat, een felle antisemiet, voor wie de christelijke religie alleen een manier is om met zijn tegenstanders om te gaan en een sterke positie in de samenleving te bereiken, komt herhaaldelijk op het levenspad van Eitsen.
Eicen regelt een geschil tussen christenen en joden en nodigt de eeuwige jood, Agasfera, uit om te getuigen dat Jezus de ware Messias en Zoon van God was. Dus hoopt Eicen de joden tot het ware geloof te bekeren en in heel Duitsland beroemd te worden. Maar Agasfer bespot alleen de domheid en religieuze hypocrisie van Eicen, waarvoor hij hem aan wrede martelingen onderwierp. Agasfer, geslagen door handschoenen, sterft, en Eitsen hoopt dat hij eindelijk de irritante Jood kwijt is. Vele jaren gaan voorbij, maar Agasfer, zo jeugdig en spottend als hij was bij de eerste ontmoeting, verschijnt opnieuw voor de oude Eicen. Samen met Leuchtentrager, die niet langer verbergt dat hij Lucifer is, neemt de Heer van de Onderwereld, Agasfer, de ziel van Eicen weg, nadat hij hem de woorden van de profeet Ezechiël heeft voorgelezen en de boze herders blootgelegd.
Een professor aan de Hebreeuwse Universiteit, Johanaan Leuchtentrager, gaat correspondentie aan met Siegfried Weifus en deelt hem mee dat hij persoonlijk Agasfer kent, een tijdgenoot van de Rebbe Yeshua, of Jezus Christus. De militante atheïst Byfus, die de positie van dialectisch materialisme bekleedt, probeert Leuchtentrager te bewijzen dat dit niet kan, maar aan het einde van de correspondentie is hij zo gefascineerd door het mysterie van Agasfer dat de "bevoegde autoriteiten" van de DDR, die de correspondentie van de twee professoren observeren, eindelijk Byfus aanbevelen reageer niet op brieven van Israël: ze zijn bezorgd dat Leuchtentrager met zijn vriend Agasfer naar de DDR gaat om zo de marxistische Byfus te overtuigen van het werkelijke bestaan van de Eeuwige Jood. Niemand slaagt er echter in hun aankomst in de DDR te verhinderen. Op 31 december 1981 bezochten ze Byfus aan het Institute of Scientific Atheism, waarna hij hen bij hem thuis uitnodigde, waar zijn familie, in de kring van vele vrienden, zich voorbereidde op de viering van het nieuwe jaar.
Byfus zit opgesloten met Agasfer en Leuchtentrager in zijn kantoor en, zoals zijn vrouw later zegt, heeft lange tijd ruzie met hen. Na middernacht wordt er een groot gat met verkoolde randen gevonden in de muur van Byfus 'kantoor, maar noch hijzelf, noch zijn Israëlische collega's zijn in de kamer. Tijdens het onderzoek blijkt dat de Israëlische burgers A. Agasfer en I. Leuchtentrager geen visa hebben ontvangen en dat de checkpoints hun in- en uitgang niet hebben geregistreerd. Later wordt bekend dat in de nacht van 31 december 1980 op 1 januari 1981 dienstdoende vanaf de uitkijktoren bij de grensovergang aan de Friedrichstrasse drie ongeïdentificeerde personen door de lucht trokken. Een vurige staart strekte zich uit voor twee en ze droegen de derde onder de armen. Overtreders van de grens vlogen over de grens van de DDR, waarna ze hoogte wonnen en uit het zicht verdwenen. Maar de 'bevoegde autoriteiten' kwamen hier pas veel later achter, aangezien de dienstdoende officieren ervan werden beschuldigd alcohol te hebben gedronken tijdens het uitzitten en zij hun straf uitzaten.