Een Japanse industrieel besloot onder invloed van Amerikaanse mode individuele atoomschuilplaatsen te gaan bouwen, maar ze konden geen massaproductie tot stand brengen en de enige gebouwde schuilplaats werd verlaten. Vijf jaar later bouwde het bouwbedrijf met de bunker als fundering een gebouw van drie verdiepingen, waarvan de achterkant aan de helling grenst. In dit huis vestigde zich een man die vrijwillig de samenleving verliet. In het recente verleden was hij de persoonlijke secretaris van een beroemde politicus, trouwde met zijn dochter en adverteerde atoomschuilplaatsen in een bouwbedrijf dat zijn schoonvader controleerde.
Maar op een mooie dag nam hij van zijn vrouw een vijfjarige zoon, die volgens de doktoren verstandelijk gehandicapt was, en begon bij het kind te wonen als kluizenaar in een opvanghuis. Hij benoemde zichzelf tot advocaat van degenen van wie hij het meest hield in deze wereld - bomen en walvissen. Hij veranderde zijn naam om zijn nieuwe essentie te benadrukken en begon zichzelf Ooki ("machtige boom") Isana ("dappere vis") te noemen. Hij houdt zich bezig met het bekijken van foto's van walvissen, kijkend door een verrekijker naar buiten groeiende bomen. Om dichter bij de natuur te zijn, maakte hij een gat in de vloer van de bunker van 30 × 30 centimeter en stortte zich in gedachten, waarbij hij zijn blote voeten op echte aarde zette. Isana nam de stemmen van verschillende vogels op en zijn zoon Dzin leerde ze nauwkeurig te herkennen: het bleek dat de jongen een ongewoon scherp gehoor heeft.
Zodra een incident zich voordoet in een moerassig laagland dat zichtbaar is vanuit de ramen van een opvangcentrum. Een jong meisje verleidt een politieagent en haar vrienden vallen hem aan en nemen het pistool weg. Om zichzelf te redden, selecteert de agent de zwakste van de aanvallers en legt, na te zijn verzonnen, een handboei om zijn hand, terwijl hij de tweede handboei op zijn hand klikt. Tieners slaan de agent en de jongen probeert zijn hand af te snijden om te ontsnappen. Een politieagent maakt de handboei los en rent weg, en de tieners schreeuwen lange tijd achter hem aan.
Toen Isana zag dat de bomen bedekt waren met jong gebladerte en een gevoel van volledige veiligheid kregen, voelt ze zich spiritueel met hen verbonden en voelt zich ook beschermd en verlaat het asiel. Hij wordt, net als planten, wakker uit de winterslaap en zoekt een uitweg voor de energie die zich in hem heeft opgehoopt. Samen met Jin stapt hij in de bus en gaat naar het park, maar ze komen te laat aan: het park is al gesloten en de ritten werken niet. Desalniettemin mist de wachter hen en in een verlaten park ontmoeten ze een groep agressieve tieners, van wie er één een verbonden hand heeft. Isana voelt een onverklaarbare angst en heeft haast om terug te keren naar het asiel. Als ze naar de winkel gaat en Jin alleen thuis laat, ervaart Isana ook angst. Hij heeft 's nachts nachtmerries. Hij heeft het gevoel dat er constant naar hun opvang wordt gekeken. Zodra hij een tekening op de muur van een huis ontdekt - een cirkel en een kruis. Isana schildert naast dit oogpatroon. Hij ontmoet een meisje in de buurt van zijn huis, dat hem aanbiedt om te slapen in de kleedkamer van de beroemde actrice in een verlaten filmstudio, iets verder van de moerassige laaglanden. Isana antwoordt niets en vertrekt, en 's nachts hoort ze het gedreun van tieners op het dak en maakt zich zorgen over Jin, wiens kwetsbare mentale evenwicht zo gemakkelijk van streek is.
De volgende dag kijkt Isana door een verrekijker naar de ruïnes van een filmstudio en ziet een naakt meisje in het raam van het paviljoen. Plotseling ziet hij een groep tieners die hem beschuldigen hen te bespioneren. Ze vragen waarom Isana en Jin hier wonen zonder met iemand te praten. Isana legt hen uit dat hij advocaat is voor bomen en walvissen. De tieners dreigden met represailles en dwongen Isan om Boy in zijn huis, een tiener wiens wond begon te kwellen, binnen te laten, en Inago, het meisje dat Isan voorstelde om met haar naar bed te gaan. Isana gaat naar de apotheek voor medicijnen voor de patiënt, terwijl Inago voor Jin zorgt. Tot Isans verbazing behandelt het meisje de baby voorzichtig en aandachtig.
Een van de tieners, Takaki, vertelt Isana over de Walvisboom. Als kind hoorde Takaki van hem, droomde van hem, maar zag hem nooit. De naam "Whale Tree" geeft Isan een warm gevoel, het begint hem ook te lijken dat zo'n boom bestaat. Isana komt terug van de apotheek en valt van de fiets. Tieners lachen en denken helemaal niet dat hij gewond kan raken. Isana verwondert zich over hun wreedheid. Takaki arriveert in een gestolen auto voor Isana en vervolgt het verhaal van de Whale Tree. Een paar dagen later toont Takaki Isana een cache van tieners: ze vestigden zich in een verlaten filmstudio. Ze ontmantelden de schoener, die een van hen zou bewaken, sleepten hem in delen naar een van de paviljoens, en daar verzamelden ze hem en begonnen de maritieme zaken te bestuderen, zodat ze later konden vertrekken. De tieners zijn verenigd in de Union of Free Mariners en wonen hier en rusten de cabines in de kelder uit.
Takaki bracht Isan mee, de Battle, die bijna hersteld was en terugkeerde naar de schoener, wil "deze gekke man" neerschieten: niemand anders mag weten van hun cache. Isana is niet bang voor de dood: Inago zorgt zo goed voor de jongen dat hij zonder vader kan. Maar Isana moet haar missie vervullen - nieuwkomers uit andere werelden vertellen dat niet de mens op aarde regeerde, maar walvissen en bomen. De strijd is bang dat Isana ze bij de politie zal aangeven, maar alle andere tieners zijn doordrenkt van vertrouwen in Isan en bieden hem aan om zich bij hen aan te sluiten.
Een man met de bijnaam Korotky, die al veertig jaar oud is, zodat hij zelfs ouder is dan Isan, zegt dat hij op vijfendertigjarige leeftijd plotseling begon te krimpen en nog steeds krimpt. Zijn ledematen lijken inderdaad te lang vergeleken met een te kort lichaam. Hij is naar een psychiatrisch ziekenhuis gestuurd, maar is daar ontsnapt. Hij heeft geen plaats in de wereld van gewone mensen en hij voelt zich normaal in een samenleving van adolescenten. Luisterend naar Isans redenering over bomen en walvissen, komen tieners tot de conclusie dat hij heeft wat ze missen: het vermogen om hun gedachten onder woorden te brengen. Ze geloven dat zijn uitstekende beheersing van het woord nuttig voor hen kan zijn.
Isana bekent aan haar tieners haar zonden: toen hij zijn secretaris van zijn schoonvader was, bracht hij jongens naar hem toe, zich overgeeft aan zijn verdorvenheid. Eens hebben ze per ongeluk een jongen vermoord, en sindsdien heeft Isana geen vrede gekend. Als 'woordspecialist' begint Isan Engels te studeren bij tieners en kiest hij voor deze 'Moby Dick' en Dostojevski in een Engelse vertaling. Aanvankelijk vreest hij dat de gesprekken van de oude man Zosima te moreel lijken voor de tieners, maar ze luisteren met grote belangstelling en het woord 'gebed' vat ze letterlijk vast. Tot Isans verbazing werden adolescenten echt verliefd op Jin en luisterden ze graag naar serieuze muziek. Isana leeft in afwachting van het einde van de wereld en tieners wachten op de grote aardbeving - ze hebben veel gemeen.
Tieners worden aangetrokken door de Union of Free Mariners door een soldaat van de zelfverdedigingstroepen - de geliefde Inago. Ze willen dat hij ze leert hoe ze met wapens moeten omgaan. Isana vraagt zijn vrouw Naobi om een plek aan de kust te zoeken waar hij en zijn vrienden twee tot drie weken kunnen wonen. Naobi vindt zo'n plek voor hen in Izu, maar daar pleegt Korotky verraad - hij fotografeert de militaire oefeningen van de Union of Free Mariners en verkoopt foto's aan het weekblad. Hij wil tieners dwingen hem te vermoorden, in de overtuiging dat de misdaad hen zal verenigen en van de Unie van Vrije Mariners een militaire organisatie zal maken. De tieners regelen een proces tegen Korotky, waarbij een van hen - Tamakichi - Korotky per ongeluk verwondt. Zich realiserend dat de korte wond dodelijk is, besluiten adolescenten hem te executeren. Ieder van hen gooit een steen naar hem. Isana en de soldaat staan apart. Een soldaat grijpt een geladen machinegeweer en gooit Inago, stapt op een motorfiets en rent weg, tieners achtervolgen. Een van hen - Tamakichi - gooit een granaat naar een visserschoener. De schoener licht op en het vermoeden valt op de soldaat. Een soldaat pleegt zelfmoord. Inago wordt de minnares van Isan, Isan, Dzini, Inago keert in vlucht terug naar Tokio. Daar worden ze opgewacht door tieners: ze vernietigen een filmstudio, ze konden nergens heen en nadat ze een raam hadden gebroken, klommen ze de schuilplaats van Isan in.
In het paviljoen van de filmstudio was er maar één gevecht: hij stemde er nooit mee in de schoener te verlaten. Zodat ze niet in verkeerde handen valt, blaast hij het op. Arbeiders die een filmstudio vernietigen, verslaan Boy. Tamakichi neemt de stervende kameraad mee naar een kliniek aan de universiteit van Tokyo en laat hem achter in de speelhal. Tieners denken na over wat ze vervolgens moeten doen. Isana vraagt Naobi om te helpen het geld voor het schip te halen om met de tieners te gaan zeilen. Naobi nomineerde zichzelf voor de verkiezing en Isana hoopt dat het voor haar meer winst oplevert als haar man en zoon in zee zwemmen en de walvissen beschermen, in plaats van in een atoomtoevluchtsoord te zitten. Naobi belooft het bouwbedrijf aan te bieden om onderdak en land van Isan te kopen - de opbrengst zal voldoende zijn voor de geplande onderneming. Voor het geval dat adolescenten voedsel voorzien - als ze worden belegerd, hebben ze die nodig in een opvangcentrum, maar als ze naar verwachting gaan zeilen, nemen ze die mee. Om het kind niet in gevaar te brengen, bieden de tieners Isan en Jin aan om het asiel te verlaten, maar Isana wil zijn vrouw informeren dat zij en Jin worden gegijzeld - dan zal ze zeker een schip tot hun beschikking stellen. Politiewagens zijn zichtbaar vanuit het raam van de shelter. Een gemotoriseerd team omsingelde het gebouw. Tieners schieten, de politie vuurde traangas af. Ze dringen er bij de belegerden op aan zich over te geven.
Tieners wachten op de komst van Isans vrouw. Naobi arriveert, maar beweert dat ze, zelfs in de naam van het leven van haar kind, geen deal zal sluiten met criminelen. Tieners vechten dapper, maar de macht staat niet aan hun kant en ze sterven de een na de ander. Het wordt duidelijk dat ze het schip niet meer nodig hebben: ze konden nog steeds niet gaan zeilen, omdat de navigator en de radio-operator om het leven kwamen. Tamakichi is van plan om tot het einde toe te vechten, maar hij wil niet dat de Unie van Vrije Zeelieden spoorloos verdwijnt. Hij nodigt Takaki uit om te vertrekken en hem weer tot leven te wekken. Isana neemt ontslag als specialist volgens de Union of Free Mariners, nu zet hij zich volledig in voor de taken van een walvis- en boomadvocaat. Takaki geeft toe dat zijn verhaal over de Walvisboom een fictie is, maar Isana maakt bezwaar dat, zodra hij niet naar het huis van Takaki kan gaan en hiervan overtuigd te raken, niets hem ervan weerhoudt te geloven dat de Walvisboom bestaat. Takaki met een witte vlag verlaat het asiel, gevolgd door Inago met Jin in zijn armen en een dokter (een oud-student aan een medisch instituut). Terwijl ze naar de auto gaan, heeft de politie hen geslagen.
Wanneer de auto degenen die zich hebben overgegeven wegneemt, rijdt een brandweerwagen met kraan naar de schuilplaats en begint het gebouw te ruïneren. Alleen Isana en Tamakiti bleven in het asiel. Isana gaat naar de bunker. Hij zet zijn voeten op de grond en luistert naar de film met geschreeuw van walvissen. Water verslaat een fontein: weggegooid door een brandweerauto, lekte het onder de fundering en verstopte het op de plaats waar een gat in de vloer zat. De putdeksel gaat omhoog, schoten zijn te horen. Isana schiet terug. Water stijgt hoger en hoger. Isana wendt zich tot de zielen van bomen en walvissen, stuurt hen de laatste vergeving en sterft.