De tragedie vindt plaats in Nederland, in Brussel, in 1567-1568, hoewel in het stuk de gebeurtenissen van deze jaren zich wekenlang afspelen.
Op het stadsplein concurreren de stedelingen in boogschieten, ze worden vergezeld door een soldaat uit het leger van Egmont, hij verslaat gemakkelijk iedereen en trakteert zichzelf op eigen kosten op wijn. Uit het gesprek tussen de stedelingen en de soldaat leren we dat Nederland geregeerd wordt door Margarita van Parma, die beslissingen neemt met een constante blik op haar broer, koning van Spanje Philip. De Vlamingen houden van en steunen hun gouverneur Graaf Egmont, een glorieuze commandant die meer dan eens overwinningen heeft behaald. Bovendien is hij veel toleranter voor de predikers van een nieuwe religie, die het land vanuit het naburige Duitsland binnendringt. Ondanks alle inspanningen van Margarita van Parma, vindt het nieuwe geloof veel aanhangers onder de gewone bevolking, moe van de onderdrukking en de eisen van katholieke priesters, van constante oorlogen.
In het paleis stelt Margarita van Parma samen met haar secretaris Machiavelli een rapport op aan Philip over de onrust in Vlaanderen, voornamelijk op religieuze gronden. Om te beslissen over verdere actie, riep ze een raad bijeen waar de gouverneurs van de Nederlandse provincies naar toe moesten komen.
In dezelfde stad, in een bescheiden burgerhuis, woont het meisje Clara bij haar moeder. Van tijd tot tijd komt een buurman, Brackenburg, naar hen toe. Hij is duidelijk verliefd op Clara, maar ze is al lang gewend aan zijn genegenheid en beschouwt hem eerder als een broer. Onlangs heeft haar leven grote veranderingen ondergaan, graaf Egmont zelf begon hun huis te bezoeken. Hij zag Klara terwijl hij met zijn soldaten door hun straat reed en iedereen begroette hem. Toen Egmont plotseling met hen verscheen, verloor het meisje uiteindelijk haar hoofd door hem. Moeder hoopte zo dat haar Clairchen met de respectabele Brackenburg zou trouwen en gelukkig zou zijn, maar nu begrijpt ze dat ze haar dochter niet heeft gered, die gewoon wacht tot de avond komt en haar held verschijnt, waarin nu de hele betekenis van haar leven verschijnt.
Earl Egmont is bezig met zijn secretaris zijn correspondentie te analyseren. Hier zijn brieven van gewone soldaten die vragen om een salaris te betalen, en klachten van weduwen van soldaten dat ze niets te eten hebben voor hun kinderen. Er zijn klachten van soldaten die een eenvoudig meisje, de dochter van een herbergier, hebben misbruikt. Egmont biedt in alle gevallen een eenvoudige en eerlijke oplossing. Een brief van graaf Oliva kwam uit Spanje. Een waardige oude man raadt Egmont aan voorzichtig te zijn. Zijn openheid en roekeloze acties zullen niet ten goede komen. Maar voor een dappere commandant staan vrijheid en rechtvaardigheid voorop en daarom is het moeilijk voor hem om voorzichtig te zijn.
De Prins van Oranje arriveert, hij meldt dat de hertog van Alba, bekend om zijn "bloeddorst", van Spanje naar Vlaanderen gaat. De prins adviseert Egmont om zich terug te trekken in zijn provincie en daar voet aan de grond te krijgen; dat zal hij zelf ook doen. Hij waarschuwt ook de graaf dat hij in Brussel met de dood wordt geconfronteerd, maar hij gelooft hem niet. Om af te leiden van droevige gedachten gaat Egmont naar zijn geliefde Claerchen. Vandaag kwam hij op verzoek van het meisje naar haar toe in de jurk van een ridder van het Gulden Vlies. Claerhan is blij, ze houdt oprecht van Egmont en hij antwoordt haar hetzelfde.
Ondertussen doet Margarita van Parma, die ook hoorde over de komst van de hertog van Alba, afstand van de troon en verlaat het land. Aangekomen in Brussel met de troepen van de Spaanse koning Alba. Nu is het door zijn decreet verboden dat burgers zich op straat verzamelen. Zelfs als twee mensen samen worden opgemerkt, worden ze onmiddellijk opgesloten wegens opruiing. De gouverneur van de Spaanse koning ziet overal een samenzwering. Maar zijn belangrijkste tegenstanders zijn de Prins van Oranje en graaf Egmont. Hij nodigde hen uit op Paleis Kulenburg, waar hij een val voor hen klaarmaakte. Na een ontmoeting met hem zullen zijn agenten ze arresteren. Onder de naaste medewerkers van Alba en zijn onwettige zoon Ferdinand. De jongeman is gefascineerd door Egmont, zijn adel en communicatiegemak, zijn heldendom en moed, maar hij kan de plannen van zijn vader niet tegenspreken. Kort voor aanvang van het publiek brengt een boodschapper uit Antwerpen een brief van de Prins van Oranje, die op een plausibel excuus weigert in Brussel aan te komen. Egmont verschijnt, hij is kalm. Hij reageert beleefd op alle beweringen van Alba over de onrust in Nederland, maar tegelijkertijd is zijn oordeel over de gebeurtenissen vrij onafhankelijk. De graaf zorgt voor het welzijn van zijn volk, hun onafhankelijkheid. Hij waarschuwt Alba dat de koning het verkeerde pad volgt en probeert de mensen die hem toegewijd zijn "in de grond te trappen", zij rekenen op zijn steun en bescherming. De hertog kan Egmont niet begrijpen, hij beveelt hem de koning te arresteren, selecteert de persoonlijke wapens van de graaf en de bewakers brengen hem naar de gevangenis.
Bij het vernemen van het lot van zijn geliefde, kan Clairechen niet thuis blijven. Ze rent de straat op en spoort de stadsbewoners aan om een wapen te pakken en graaf Egmont vrij te laten. De stedelingen kijken haar alleen maar sympathiek aan en verspreiden zich van angst. Brackenburg neemt Claerchen mee naar huis.
Earl Egmont, die voor het eerst in zijn leven zijn vrijheid verloor, maakt zich ernstig zorgen over zijn arrestatie. Aan de ene kant herinnert hij zich de waarschuwingen van vrienden en voelt hij dat de dood ergens dichtbij is en dat hij, ongewapend, zichzelf niet kan verdedigen. Aan de andere kant hoopt hij diep van binnen dat Oransky hem toch zal komen redden of dat het volk zal proberen hem te bevrijden.
Het hof van de koning spreekt unaniem een vonnis uit over Egmont - de doodstraf. Clarehen leert hiervan. Ze wordt gekweld door de gedachte dat ze haar machtige minnaar niet kan helpen. Een man uit de stad Brackenburg meldt dat alle straten vol waren met soldaten van de koning en dat er een steiger op het marktplein werd geplaatst. Zich realiserend dat Egmont onvermijdelijk zal worden gedood, steelt Claerchen gif uit Brackenburg, drinkt het, gaat in bed liggen en sterft. Haar laatste verzoek is om voor een bejaarde moeder te zorgen.
Een officier van Alba informeert Egmont over de beslissing van het koninklijk hof. Graaf werd bij zonsopgang onthoofd. Samen met de officier kwam de zoon van Alba, Ferdinand, afscheid nemen van Egmont. Alleen gelaten met de graaf, geeft de jongeman toe dat hij zijn hele leven Egmont als zijn held beschouwde. En nu is hij zich er bitter van bewust dat hij zijn idool op geen enkele manier kan helpen: zijn vader voorzag alles en liet geen gelegenheid over voor Egmont's vrijlating. Dan vraagt de graaf Ferdinand om voor Clarehen te zorgen.
De gevangene wordt met rust gelaten, hij valt in slaap en in een droom verschijnt Claerchen, die hem bekroont met de lauwerkrans van de winnaar. De graaf is wakker geworden en palpeert met zijn hoofd, maar er staat niets op. De dageraad breekt aan, de klanken van zegevierende muziek worden gehoord en Egmont wordt gestuurd om de bewakers te ontmoeten die hem zijn komen executeren.