In het werk - twee verhaallijnen, die zich elk onafhankelijk ontwikkelen. De actie vindt plaats in Moskou gedurende meerdere meidagen (dagen van de volle maan in de lente) in de jaren 30. XX eeuw, de tweede actie vindt ook plaats in mei, maar in de stad Yershalaim (Jeruzalem) bijna tweeduizend jaar geleden - aan het begin van een nieuw tijdperk. De roman is zo gebouwd dat de hoofdstukken van de hoofdverhaallijn worden afgewisseld met de hoofdstukken waaruit de tweede verhaallijn bestaat, en deze invoeghoofdstukken zijn ofwel hoofdstukken uit de roman van de meester, ofwel het verhaal van een ooggetuige van de gebeurtenissen in Woland.
Op een van de heetste meidagen in Moskou verschijnt iemand Woland, die zich voordoet als een specialist in zwarte magie, maar in feite is hij Satan. Hij wordt vergezeld door een vreemd gevolg: een mooie heksenvampier Gella, het brutale type Koroviev, ook wel bekend als Fagot, de sombere en onheilspellende Azazello en de vrolijke dikke nijlpaard Behemoth, die voor het grootste deel voor de lezer verschijnt in de gedaante van een zwarte kat van ongelooflijke grootte.
De eerste die Woland ontmoette bij Patriarchvijvers zijn de redacteur van het dikke kunsttijdschrift Mikhail Aleksandrovich Berlioz en de dichter Ivan Bezdomny, die een antireligieus gedicht over Jezus Christus schreef. Woland komt tussenbeide in hun gesprek en beweert dat Christus echt heeft bestaan. Als bewijs dat er iets buiten de menselijke controle ligt, voorspelt Woland dat een Russisch Komsomol-meisje het hoofd van Berlioz zal afhakken. Voor de geschokte Ivan valt Berlioz onmiddellijk onder de tram, die wordt bestuurd door een Komsomol-meisje, en wordt zijn hoofd afgesneden. Ivan probeert Woland tevergeefs te vervolgen en, nadat hij in Massolit (Moscow Literary Association) is verschenen, zet hij zo verward de reeks gebeurtenissen uiteen die hij naar de psychiatrische kliniek in de buitenwijken van professor Stravinsky brengt, waar hij het hoofdpersonage van de roman ontmoet - de meester.
Woland, die aankomt bij appartement nummer 50 van huis 302 bis aan de Sadovayastraat, die wijlen Berlioz bezette met de regisseur van het theater Variete Stepan Likhodeev, en deze laatste in een staat van ernstige kater vond, overhandigde hem een contract dat door hem, Likhodeev, was ondertekend voor de uitvoering van Woland in het theater, en drijft hem dan weg van het appartement, en Styopa komt op onverklaarbare wijze in Jalta terecht.
Nikanor Ivanovich Bosoy, voorzitter van de huisvestingsmaatschappij van huis nr. 302 bis, zit in appartement nummer 50 en vindt daar Koroviev, die vraagt om dit appartement te verhuren aan Wolanda, sinds Berlioz stierf en Likhodeev in Jalta. Na veel overreding gaat Nikanor Ivanovich akkoord en ontvangt van Koroviev, bovenop de vergoeding die in het contract is bepaald, 400 roebel dat hij verbergt in ventilatie. Op dezelfde dag kwamen ze naar Nikanor Ivanovich met een arrestatiebevel voor het opslaan van de valuta, aangezien deze roebels in dollars veranderden. De verbijsterde Nikanor Ivanovich valt in dezelfde kliniek van professor Stravinsky.
Op dit moment proberen de financieel directeur Variete Rimsky en de administrateur Varenukha de verdwenen Likhodeev telefonisch te vinden en zijn perplex, ontvangen van hem telegrammen van Yalta met één verzoek om geld te sturen en zijn identiteit te bevestigen, aangezien hij in Jalta door hypnotiseur Woland in de steek is gelaten. Na te hebben besloten dat dit de stomme grap van Likhodeev is, stuurt Rimsky, nadat hij telegrammen heeft verzameld, Varenukha om ze "waar nodig" te brengen, maar Varenukha doet dit niet: Azazello en de kat Behemoth, grijpen hem bij de armen, brengen Varenukha naar appartement nr. 50 en uit een kus de naakte heks Gella Varenukha heeft geen gevoelens.
'S Avonds begint een optreden met medewerking van de grote magiër Woland en zijn gevolg op het podium van het Variete Theater. Een fagot met een pistoolschot veroorzaakt een monetaire regen in het theater en de hele zaal vangt de vallende stukken goud op. Dan opent er een 'dameswinkel' op het podium, waar iedere vrouw uit de zaal zich van top tot teen gratis kan kleden. Daar staat een rij in de rij, maar aan het einde van de voorstelling veranderen de chervonets in stukjes papier en verdwijnt alles dat in de 'dameswinkel' is gekocht spoorloos, waardoor goedgelovige vrouwen in hun ondergoed door de straten moeten rennen.
Na de voorstelling blijft Rimsky in zijn kantoor hangen en voor hem verandert Gella's kus in een vampier Varenukha. Roman ziet dat hij geen schaduw werpt, is dodelijk bang en probeert weg te rennen, maar de vampier Gella helpt Varenukha. Met een hand bedekt met kadavervlekken, probeert ze de raambout te openen en Varenukha bewaakt de deur. Ondertussen komt de ochtend, wordt de eerste kreet van een haan gehoord en verdwijnen de vampiers. Zonder een minuut te verliezen, werd Rimsky onmiddellijk grijs in een taxi, rende naar het station en vertrok met de sneltrein naar Leningrad.
Ondertussen vertelt Ivan Bezdomny, na een ontmoeting met de Meester, hoe hij de vreemde buitenlander ontmoette die Misha Berlioz vermoordde. De meester legt Ivan uit dat hij met Satan de patriarchen heeft ontmoet en vertelt Ivan over zichzelf. Zijn geliefde heette zijn geliefde Margarita. Als geschoold historicus werkte hij in een van de musea, toen hij onverwachts een enorme som won - honderdduizend roebel. Hij liet zijn werk in het museum achter, huurde twee kamers in de kelder van een klein huis in een van de Arbat-steegjes en begon een roman te schrijven over Pontius Pilatus. De romance was bijna afgelopen toen hij Margarita per ongeluk op straat ontmoette, en de liefde trof hen allebei meteen. Margarita was getrouwd met een waardige man, woonde bij hem in een herenhuis aan de Arbat, maar hield niet van hem. Elke dag kwam ze bij de meester. De affaire liep ten einde en ze waren gelukkig. Uiteindelijk was de roman klaar en de meester bracht hem naar het tijdschrift, maar ze weigerden hem daar te drukken. Er werd echter een fragment uit de roman gedrukt en al snel verschenen er verschillende vernietigende artikelen over de roman, ondertekend door critici Ariman, Latunsky en Lavrovich, in de kranten. En toen voelde de meester dat hij ziek werd. Op een avond gooide hij een roman in de oven, maar een weggelopen, gealarmeerd, pakte Margarita de laatste stapel lakens van het vuur. Ze vertrok en nam het manuscript mee om afscheid te nemen van haar man en 's ochtends voor altijd terug te keren naar haar geliefde, maar een kwartier nadat ze vertrokken was, klopten ze op het raam - vertelden Ivan zijn verhaal, op deze plek laat de meester haar stem zachter fluisteren - en nu een paar maanden later, op een winternacht, toen hij bij hem thuis kwam, merkte hij dat zijn kamers bezet waren en ging hij naar een nieuwe buitenwijkkliniek, waar hij de vierde maand woont, zonder naam of achternaam, alleen een patiënt uit kamer 118.
Vanochtend wordt Margarita wakker met het gevoel dat er iets gaat gebeuren. Ze veegt haar tranen weg, gaat over de vellen van het verkoolde manuscript, bekijkt de foto van de meester en maakt een wandeling in de Alexandertuin. Hier gaat Azazello naast haar zitten en deelt haar mee dat een zekere nobele buitenlander haar uitnodigt voor een bezoek. Margarita accepteert de uitnodiging omdat ze hoopt in ieder geval iets over de meester te leren. Op de avond van dezelfde dag wrijft Margarita, naakt gekleed, over het lichaam met de crème die Azazello haar heeft gegeven, wordt onzichtbaar en vliegt uit het raam. Terwijl ze langs het huis van de schrijver vliegt, regelt Margarita een rout in het appartement van een criticus van Latunsky, die naar haar mening de meester heeft vermoord. Dan ontmoet Margarita Azazello en leidt haar naar appartement nr. 50, waar ze Woland en de rest van zijn gevolg ontmoet. Woland vraagt Margarita om de koningin aan zijn bal te zijn. In ruil daarvoor belooft hij haar wens te vervullen.
Om middernacht begint de lente-volle-maanbal - de grote bal bij Satan, waar oplichters, beulen, molesters, moordenaars - criminelen van alle tijden en naties; mannen dragen jasjes, vrouwen zijn naakt. Enkele uren lang begroet de naakte Margarita de gasten, waarbij ze haar hand en knie blootstelt voor een zoen. Eindelijk is de bal voorbij en vraagt Woland aan Margarita wat ze wil als beloning omdat ze de gastvrouw van de bal is. En Margarita vraagt onmiddellijk om de meester aan haar terug te geven. Onmiddellijk verschijnt er een meester in ziekenhuiskledij en Margarita vraagt Woland om, na overleg met hem, hen terug te brengen naar een klein huisje aan de Arbat, waar ze gelukkig waren.
Ondertussen begint een instelling in Moskou belangstelling te krijgen voor vreemde gebeurtenissen in de stad, en ze vormen allemaal een logisch duidelijk geheel: de mysterieuze buitenlander Ivan Bezdomny, een zwarte magiesessie in Variety en de dollars van Nikanor Ivanovich en de verdwijning van Rimsky en Likhodeev. Het wordt duidelijk dat dit allemaal het werk is van dezelfde bende, geleid door een mysterieuze goochelaar, en alle sporen van deze bende leiden naar appartement nummer 50.
We gaan nu naar de tweede verhaallijn van de roman. In het paleis van Herodes de Grote ondervraagt de Judese procureur Pontius Pilatus de gearresteerde Yeshua Ga-Nozri, die door het Sanhedrin was veroordeeld om het gezag van Caesar te beledigen, en deze straf wordt ter goedkeuring aan Pilatus gezonden. Pilatus ondervraagt de arrestanten en begrijpt dat voor hem geen dief is die mensen tot ongehoorzaamheid heeft aangezet, maar een dolende filosoof die het koninkrijk van waarheid en gerechtigheid predikt. De Romeinse aanklager kan de man die beschuldigd wordt van een misdaad tegen Caesar echter niet loslaten en bevestigt de doodstraf. Vervolgens wendt hij zich tot de hogepriester van het Joodse Caif, die ter ere van de aanstaande paasvakantie een van de vier ter dood veroordeelde criminelen kan vrijlaten; Pilatus vraagt dat het Ga-Nozri is. Kaifa weigert hem echter en laat de overvaller Var-Ravvan vrij. Bovenop Lysaya Gora staan drie kruisen waarop de veroordeelden worden gekruisigd. Nadat de menigte toeschouwers die de processie vergezelden naar de plaats van executie terugkeerde naar de stad, blijft alleen de discipel Yeshua Levi Matvey, een voormalige belastinginner, op Lysaya Gora achter. De beul steekt de gekwelde veroordeelden neer en een plotselinge stortbui valt op de berg.
De procureur roept Afraniya, het hoofd van zijn geheime dienst, op en instrueert hem Juda te doden uit Kirjath, die geld heeft ontvangen van het Sanhedrin omdat hij hem toestond Yeshua Ga-Nozri in zijn huis te arresteren. Al snel ontmoet een jonge vrouw, Niza genaamd, naar verluidt per ongeluk Juda in de stad en maakt een date de stad uit in de tuin van Gethsemane, waar hij wordt aangevallen door onbekende mensen, hem neerstak met een mes en zijn portemonnee met geld verwijderde. Na enige tijd meldt Afranius aan Pilatus dat Juda doodgestoken is en een zak geld - dertig tetradrachmen - in het huis van de hogepriester is geplant.
Levi Matvey wordt naar Pilatus gebracht, die de aanklager het perkament laat zien met de preken van de Ga-Nozri. 'De ernstigste ondeugd is lafheid', luidt de aanklager.
Maar terug naar Moskou. Bij zonsondergang nemen ze op het terras van een gebouw in Moskou afscheid van de stad Woland en zijn gevolg. Plots verschijnt Levi Matvey, die Woland aanbiedt om de meester voor zich te nemen en hem met vrede te belonen. "En waarom breng je hem niet naar je licht?" - vraagt Woland. 'Hij verdiende het licht niet, hij verdiende vrede', antwoordt Levi Matvey. Na enige tijd komt Azazello naar het huis van Margarita en de meester en brengt een fles wijn - een geschenk van Woland. Na het drinken van wijn vallen de meester en Margarita zonder gevoelens; op hetzelfde moment begint de onrust in het huis van verdriet: de patiënt stierf aan kamer 118; en op dat moment in een herenhuis op Arbat wordt de jonge vrouw plotseling bleek, grijpt haar hart vast en valt op de grond.
Magische zwarte paarden voeren Woland, zijn gevolg, Margarita en de meester mee. 'Je roman is gelezen', zegt Woland tegen de meester, 'en ik wil je je held laten zien.' Ongeveer tweeduizend jaar zit hij op deze site en ziet in een droom een maanverlichte weg en wil er langs gaan en praten met een zwervende filosoof. Je kunt de roman nu met één zin beëindigen. ' "Vrij! Hij wacht op je! " - de meester schreeuwt, en boven de zwarte afgrond licht een immense stad op met een tuin, waar de maanweg zich naar uitstrekt, en de officier van justitie rent snel langs deze weg.
"Afscheid!" - schreeuwt Woland; Margarita en de meester gaan over de brug over de beek en Margarita zegt: 'Hier is je eeuwige thuis, degenen van wie je houdt zullen' s avonds naar je toe komen en 's nachts zal ik je slaap beschermen.'
En in Moskou, nadat Woland haar had verlaten, gaat het onderzoek in de zaak van de criminele bende nog lang door, maar de maatregelen die zijn genomen om haar te arresteren, leveren geen resultaten op. Ervaren psychiaters concluderen dat leden van de bende ongekende krachthypnotiseurs waren. Verscheidene jaren gaan voorbij, de gebeurtenissen van die meidagen beginnen te worden vergeten, en alleen professor Ivan Nikolajevitsj Ponyrev, de voormalige dichter Dakloos, verschijnt elk jaar alleen de lente feestelijke volle maan, verschijnt op de Patriarchvijvers en zit op dezelfde bank waar hij Woland voor het eerst ontmoette, en dan, na een wandeling langs de Arbat, keert hij naar huis terug en ziet dezelfde droom waarin zowel Margarita als de meester, en Yeshua Ga-Nozri, en de wrede vijfde procureur van Judea, de ruiter Pontius Pilatus, naar hem toe komen.