De roman bestaat uit vijf delen - elk vertelt over een van de executies van de Heer die op aarde viel, zoals de profeet Ezechiël voorspelde.
Deel één - "De gelijkenis van de verloren broer" - vertelt over de tweede executie - honger. Het toneel is een hongerig Oekraïne in tijden van collectivisatie; 1933. In een landelijk theehuis probeert Maria, een bedelaarsmeisje, iets van Christus te smeken omwille van, maar niemand geeft haar - behalve een Joodse jongen die onrein brood van ballingschap met haar deelt. De dorpelingen zijn verontwaardigd over de daad van de vreemdeling; het brood van het meisje wordt meegenomen. De jongen die zijn brood gaf, is Dan, Aspid, Antichrist, broer van Christus de Messias. Door de openbaringen van de profeten communiceert hij met de Heer, die hem naar de aarde heeft gestuurd, naar Rusland, aangezien dit volk tegen de Heer loog, hem in de steek liet - en daardoor het houten juk verving door het ijzeren juk.
Meisje Maria keert samen met haar jongere broer Vasya terug naar hun hongerdorp. De moeder besluit het gezin te scheiden - om een van de kinderen naar een vreemde te gooien, laat iemand gewoon achter; ze vertrekt voor werk in een andere stad. Voordat ze weggaat, leidt ze Maria en Vasya naar de stad; voor een hongerig kind serveert een vreemdeling weer brood, maar zijn moeder gooit een "niet van ons, niet-orthodox" stuk weg. Later, in de stad, zullen de kinderen de antichrist nogmaals om een aalmoes vragen, maar deze keer worden ze tegengehouden door een politieagent - het is verboden te bedelen.
Verlaten door de moeder vallen de kinderen in de hoorn. Ze krijgen een gids zodat ze met hun hulp naar huis kunnen terugkeren. Onderweg verkracht de conducteur Mary en ontsnapt. De kinderen gaan weer naar het asiel; 's nachts vertelt de wachter hen een verhaal over het "Godskind" van "Jezus Christus", gemarteld door de joden. Mary wordt weggehaald uit de stad. Het meisje rent weg; Eenmaal alleen in een besneeuwd veld dwaalt ze erdoor, huilend met Gods roep, van waaruit het hart verlicht wordt. Maria is op zoek naar haar oudere zus Ksenia, ze woont al een jaar in haar huis. Zodra ze een onnodige getuige wordt van familiescènes (haar zus bedriegt haar man en haar geliefde) en wordt ze teruggestuurd naar het dorp. Ook daar is niemand gelukkig; huilend van onrecht, wandelt Mary weer over het veld; daar ontmoet ze Dan, de antichrist. Op de vraag naar de oorzaak van de tranen antwoordt het meisje: 'Omdat de joodse joden de Zoon van God hebben gedood en hij nu in de hemel is, en Vasya, mijn broer, op aarde, in de stad Izum.' Dus Jesaja's profetie kwam uit: "Ik werd geopenbaard aan degenen die niet naar mij vroegen, zij die mij vonden, zochten mij niet."
Mary gaat naar Kerch, naar haar moeder. Na enige tijd sterft de moeder, wordt Mary een havenprostituee. Eenmaal hongerig ontmoet ze Dan weer, hij geeft haar onrein brood. Mary betaalt hem met haar liefde. Antichrist gaat verder; de aarde en het volk voor het liegen tegen de Heer zijn bestemd voor de tweede straf - het zwaard. Mary, veroordeeld voor prostitutie en landloperij, baart een zoon, Vasya, in de gevangenis van Dan. In 1936 sterft ze.
Het tweede deel begint met een discussie over imitatie van de Heer - instinctief of door de geest. De auteur verdedigt het idee dat joden geen betere en geen slechtere mensen zijn; maar dit volk is opmerkelijk vanwege zijn profeten die wisten hoe ze naar de Heer moesten luisteren. In de 'Gelijkenis van de lijdensweg van de goddelozen' wordt het meisje Annoesjka verteld. Ze woont in Rzhev met haar moeder en twee broers; een van hen sterft door de schuld van zijn zus. Zodra dieven naar Annoesjka komen; tijdens het onderzoek wijst het meisje naar een onschuldige man - hij wordt naar de gevangenis gestuurd. Moeders krijgen een nieuw appartement. Eens Dan komt de Antichrist naar Annushka. Terwijl hij de muurschilderingen aan de muren onderzoekt (Annoesjka woont in een voormalige kerk - vanwege het behang op de muur verschijnt het gezicht van Christus), reflecteert hij op het feit dat de kerkgangers Christus hebben vervangen door een afgod, uitgemergeld door de Alexandrijnse monnik; nu, in het voorjaar van 1941, werd deze monnik op zijn beurt vervangen door de "Assyrische badmeester" - Stalin. Boven de Rzhev-hutten heeft de Antichrist een visioen van een zwaard - de woorden van de Heer komen uit: "Wee de stad van bloed, en ik zal een groot vuur doven." De oorlog begint. Annushka's moeder gaat dood; meisje gaat naar het weeshuis. Annoesjka, die tijdens de bezetting met de Duitsers wist te communiceren, leerde de joden te haten. Weeshuismeisje Shulamith irriteert haar. Jaloers op het feit dat Annesska tijdens de evacuatie bij een goede adoptiemoeder terechtkwam, informeert Annushka de Duitsers dat Sulamith niet-Russisch is. Een jodin wordt gedood, Annoesjka wordt naar Duitsland gestuurd om te werken. Voor haar vertrek komt Dan naar de trein en vraagt het meisje om in Duitsland een vel papier voor te lezen dat hij haar geeft. De antichrist moet de Duitsers vervloeken, zoals de Heer Babylon ooit door Jeremia vervloekte. De profeet zelf kan het goddeloze land niet binnengaan.
Een van de vrouwen die met Annoesjka in slavernij is gebracht, vraagt Dan om haar kind, het meisje Pelageya, mee te nemen. De Duitsers, die een Jood opmerkten, proberen hem te doden, maar het is onmogelijk om de antichrist te doden.
Annoesjka vervult Dan's boodschap - het slechte Duitsland, dat God en zijn geliefde volk haat, is vervloekt. Annushka zelf sterft al snel aan koorts.
De actie van "De gelijkenis van overspel", die vertelt over de derde executie - lust, vindt plaats in 1948. De familie Kolosov woont in de Wolga-stad Bor - frontsoldaat Andrei, zijn vrouw Vera en twee dochters, Tasya en Ustya. In de buurt woont een vreemd Joods gezin - Dan Yakovlevich en zijn dochter Rufina, die totaal anders zijn dan een jodin. Vera Koposova, wiens relatie met haar man erg gecompliceerd is (hij gelooft dat zijn vrouw hem tijdens de oorlog ontrouw was), die Dan heeft ontmoet, wordt verliefd op hem. Ze realiseert zich dat ze een jood niet rechtstreeks kan verleiden en neemt haar dochter Tasya mee. Ze wordt ook verliefd op Dana, ze ontmoeten elkaar. Over deze data komt vader erachter. Samen met de oplichter Pavlov proberen ze de antichrist te doden, maar dit is niet mogelijk. Faith komt naar Dan en biedt haar voorbede aan in ruil voor seks met haar. Antichrist, een liefhebbende dochter, wordt gedwongen overspel te plegen met haar moeder. Rufina bleek per ongeluk getuige te zijn van hun ontmoeting, en Tasia ziet alles en praat met haar vader over de zonde van de moeder. Hij probeert eerst zijn vrouw te vermoorden, maar sterft die dag van verdriet. Rufina vlucht ondertussen het bos in; daar werd ze bijna verkracht door de wulpse antisemiet Pavlov; het meisje wordt alleen gered door het verschijnen van twee beer. Na de ervaring beseft Ruth dat ze een profetes is en verzoent ze met haar vader, een vloek die van haar zonde is gereinigd.
Deel vier, waarvan de basis “De gelijkenis van de ziekte van de Geest” is, vertelt over de vervolging van joden in de vroege jaren vijftig. De gelijkenis wordt voorafgegaan door een inleiding - de beschouwing van de auteur over Russisch antisemitisme. Voor deze geestelijke ziekte stuurt God de vierde straf: ziekte, pest.
Twee kinderen, Nina en Misha, uit Vitebsk, komen naar Moskou, naar de familie Ivolgin, bestaande uit een joodse kunstcriticus, zijn Russische vrouw Claudius en hun zoon Savely. Het zijn de neefjes van Claudius; hun ouders werden gearresteerd op beschuldiging van Wit-Russisch nationalisme. De Orioles, mensen die overal bang voor zijn, die hun Joodsheid op elke manier verbergen, laten hun kinderen in de steek. De familie Ivolgin wordt stilzwijgend in de gaten gehouden door twee van hun appartementburen - een joodse conciërge Dan Yakovlevich en zijn dochter. In het land zijn er op dit moment enorme openbaringen van joodse kosmopolieten. De laffe Ivolgin, die zichzelf probeerde te beschermen tegen arrestatie door deel te nemen aan de vervolging van zijn volk, werd al snel ook gearresteerd. Bij de eerste ondervraging vermoordt een onderzoeker hem.
Na 1953 heeft de weduwe Claudia een nieuwe bewonderaar - de oude man van Ilovaisky, een redelijk antisemiet. Hij heeft een lang debat met Dan over het Russische christendom. Een oude man breekt bijvoorbeeld een kopje: het geheel is eenvoudig; kapot, wordt ingewikkeld. Dan, de antichrist, is van mening dat het onmogelijk is om Ilovaisky te betogen - het christendom is te vertekend in de Griekse en middeleeuwse interpretaties. Het woord waarover het evangelie van Johannes en Ilovaysky spreekt, doet in feite alleen maar afbreuk aan de betekenis.
Het voorwoord bij het vijfde deel, 'De gelijkenis van de gebroken kelk', is het discours van de auteur over de relatie tussen het jodendom en het christendom. De helden van het vijfde deel zijn de kinderen van de antichrist van verschillende moeders: Andrei Koposov, de zoon van Vera, Vasily Korobkov, de zoon van Maria, en Pelageya-Ruth, de profetes, de geadopteerde dochter van Dan. Vasily, Andrei en Savely Ivolgin studeren aan het Literary Institute. Andreas zelf komt naar de Bijbel en begrijpt de betekenis ervan - het tegenovergestelde van de christen. Er kwamen eens jongeren samen tijdens een modeshow in de Tretyakov Gallery; Pelagia herkent in de militante antisemiet Vasily de zoon van zijn vader. Hij vervloekt de 'joden', maakt een schandaal. Nadat hij zichzelf had overtuigd van zijn gelijkenis met zijn vader, een 'Jood', hangt Vasily zichzelf op.
Andrei komt bij zijn moeder, Vera Koposova. Ze laat hem weten dat hij Dan's zoon is. Andrei, het 'goede zaad', ontmoet zijn vader; de verzamelde familie viert in stilte de joodse religieuze feestdag.
Half gek van onbedwingbare lust, creëert Savely twee 'filosofische mannen' in een alchemistische kolf. In gesprekken met hen leert hij de antwoorden op de belangrijkste vragen - over de paden naar God, over waarheid, goed en kwaad, over de rationele rechtvaardiging van geloof in God. Uiteindelijk raakt hij in waanzin en wordt hij naar een psychiatrisch ziekenhuis gebracht.
Pelagia, die als maagd leeft, vindt dat het tijd is om vrouw te worden. Naar het voorbeeld van Lot's dochters verleidt ze haar vader, de antichrist. Hij, die het gevoel heeft dat het plan van de Heer wordt vervuld, verkracht haar terwijl hij dronken is. De profetes Pelagia verwekt een zoon van de antichrist. Wie alles op aarde voor hem heeft gedaan, sterft. Voor zijn dood instrueert hij zijn zoon Andrei, die op de moeilijkste manier tot God gaat - door de geest, door twijfel.
De zoon van Pelagia en de antichrist, ook Dan, luistert terwijl zijn moeder hem de toespraken van de profeet Deuteronomium voorleest, lang voordat Christus dezelfde ideeën uitsprak.
Andrei, Pelagia met zijn zoon en Saveliy, genezen, gaan de stad uit naar het bos. Als ze naar de harde winternatuur kijken, begrijpen ze de essentie van het antagonisme van Christus en de antichrist: de eerste is de beschermer van zondaars en vervolgers, de tweede betuttelt de slachtoffers van vervolging. De afrekening voor vervolging komt naderbij, de vijfde ergste uitvoering is dorst volgens het woord van de Heer, waarvan Christus niet zal redden.
