: Een verstandelijk gehandicapte persoon heeft een operatie ondergaan om de intelligentie te vergroten. Hij wordt een genie, maar het effect van de operatie is kort: de held wordt gek en bevindt zich in een schuilplaats.

De vertelling wordt uitgevoerd in de eerste persoon en is samengesteld uit rapporten die zijn geschreven door de hoofdpersoon.

De 32-jarige geestelijk gehandicapte Charlie Gordon woont in New York en werkt als conciërge in een privébakkerij waar zijn oom hem naartoe bracht. Hij herinnert zich zijn ouders en jongere zus nauwelijks. Charlie gaat naar een speciale school, waar leraar Alice Kinnian hem leert lezen en schrijven.

Op een dag brengt Miss Kinnian hem naar Professor Nemour en Dr. Strauss. Ze voeren een intelligentie-experiment uit en ze hebben een vrijwilliger nodig. Miss Kinnian stelt de kandidatuur voor van Charlie, de meest capabele student van haar groep. Charlie droomt er sinds zijn kindertijd van om slim te worden en is het daar graag mee eens, hoewel het experiment een riskante operatie inhoudt. De psychiater en neurochirurg Strauss vertelt hem zijn gedachten en gevoelens op te schrijven in de vorm van rapporten. De eerste rapporten van Charlie zitten vol fouten.

Charlie begint de standaard psychologische tests te doorstaan, maar dat lukt niet. Charlie is bang dat ze de professor niet past. Gordon ontmoet de muis Algernon, die al een operatie heeft ondergaan. De experimentele race gaat door een doolhof en Algernon is elke keer sneller.

Op 7 maart wordt Charlie geopereerd. Even gebeurt er niets. Hij blijft in de bakkerij werken en gelooft niet langer dat hij slim wordt. Bakkerijmedewerkers bespotten Charlie, maar hij begrijpt niets en lacht met degenen die hij als vrienden beschouwt. Hij vertelt niemand over de operatie en gaat elke dag naar het laboratorium om tests te doen. 29 maart Charlie passeert voor het eerst het doolhof sneller dan Algernon. Miss Kinnian begint individueel met hem om te gaan.

Op 1 april besluiten bakkerijarbeiders Charlie voor de gek te houden en hem te dwingen de deegmenger aan te zetten. Plots slaagt Charlie en de eigenaar promoot hem. Langzamerhand begint Charlie te beseffen dat hij voor 'vrienden' gewoon een clown is, over wie je straffeloos lol en kwaad kunt maken.

Ik heb een nieuw ontwikkelingsniveau bereikt. Maar woede en achterdocht waren de eerste gevoelens die ik ervoer voor de wereld om me heen.

Hij herinnert zich de meest aanstootgevende gevallen, raakt verhard en vertrouwt mensen niet meer. Dr. Strauss voert psychotherapie-sessies met Charlie. Hoewel Gordon's intelligentie toeneemt, weet hij heel weinig van zichzelf en blijft emotioneel nog steeds een kind.

Charlies verleden, voorheen voor hem verborgen, begint op te helderen.

Ik zie eruit als een man die de helft van zijn leven heeft geslapen en nu probeert uit te vinden wie hij was terwijl hij sliep.

Eind april verandert Charlie zo erg dat de bakkerijarbeiders hem achterdochtig en vijandig beginnen te behandelen. Charlie herinnert zich zijn moeder. Ze wilde niet toegeven dat haar zoon geestelijk gehandicapt geboren was, een jongen sloeg, gedwongen werd om op een reguliere school te studeren. Charlies vader probeerde tevergeefs zijn zoon te beschermen.

Charlie is verliefd op zijn voormalige leraar Alice Kinnian. Ze is helemaal niet zo oud als Charlie voor de operatie leek. Alice is jonger dan hij, en hij begint onbeholpen verkering. De gedachte aan een relatie met een vrouw maakt Charlie bang. Dit komt door de moeder, die bang was dat haar verstandelijk gehandicapte zoon haar jongere zus zou schaden. Ze dreef de jongen tegen het hoofd dat vrouwen niet aangeraakt moesten worden. Charlie is veranderd, maar het verbod dat in zijn onderbewustzijn is ingesteld, is nog steeds van kracht.

Charlie merkt dat de chef-kok van de bakkerij de eigenaar berooft. Charlie waarschuwt hem en dreigt de eigenaar te vertellen dat de diefstal stopt, maar de relatie verslechtert volledig. Dit is de eerste belangrijke beslissing die Charlie alleen heeft genomen. Hij leert zichzelf vertrouwen. Charlie zet Alice onder druk om een ​​beslissing te nemen.Hij bekent zijn liefde aan haar, maar ze begrijpt dat de tijd voor zo'n relatie nog niet is gekomen.

De eigenaar van de bakkerij was een vriend van zijn oom, beloofde voor Charlie te zorgen en kwam zijn belofte na. Maar Charlie is nu vreemd veranderd, de arbeiders zijn bang voor hem en dreigen ermee te stoppen als Charlie blijft. De eigenaar vraagt ​​hem te vertrekken. Charlie probeert met ex-vrienden te praten, maar ze haten de dwaas die plotseling slimmer werd dan zij allemaal.

De rede dreef een wig tussen mij en iedereen die ik kende en waar ik van hield, reed me het huis uit. Ik heb me nog nooit zo alleen gevoeld.

Charlie werkt al twee weken niet. Hij probeert te ontsnappen aan eenzaamheid in de armen van Alice, maar daar komt niets van terecht. Gordon lijkt zichzelf en Alice van buitenaf te zien, door de ogen van de voormalige Charlie, die met afschuw vervuld is en hen niet toestaat eindelijk dichtbij te komen. Gordon herinnert zich hoe zijn zus hem haatte en zich voor hem schaamde.

Charlie wordt slimmer. Al snel begrijpen anderen hem niet meer. Hierdoor maakt hij ruzie met Alice - ze voelt zich naast hem een ​​complete dwaas. Charlie gaat weg van iedereen die hij kende en dompelt zich onder in school.

Op 10 juni vliegen Professor Nemour en Dr. Strauss naar het medische symposium in Chicago. De belangrijkste "exposities" op dit grote evenement zijn Charlie en muis Algernon. In het vliegtuig herinnert Charlie zich hoe zijn moeder hem zonder succes probeerde te genezen, om hem slimmer te maken. Ze besteedde bijna al het gezinsspaargeld dat haar vader, de verkoper van kappersbenodigdheden, zijn eigen kapper wilde openen. Moeder liet Charlie met rust, was opnieuw bevallen en bewees dat ze gezonde kinderen kan krijgen. Charlie droomde ervan een normaal persoon te worden, zodat zijn moeder eindelijk verliefd op hem werd.

Elke dag leer ik iets nieuws over mezelf, en de herinneringen die begonnen met een kleine rimpel overweldigen me met een storm van tien punten.

Op het symposium ontdekt Charlie zo'n enorme kennis en hoge intelligentie dat professoren en academici bleek worden tegen zijn achtergrond. Dit weerhoudt professor Nemur er niet van hem "zijn schepping" te noemen, waarbij hij Charlie gelijkstelt aan muis Algernon. De professor weet zeker dat Charlie voor de operatie een 'lege huls' was en als persoon niet bestond. Velen beschouwen Charlie als arrogant en intolerant, maar hij kan gewoon zijn plaats in het leven niet vinden. In een rapport over intelligentiebevorderende chirurgie voelt Gordon zich een proefdier. Uit protest laat hij Algernon los uit zijn kooi, vindt hem dan eerst en vliegt naar huis.

In New York ziet Gordon een krant met een foto van zijn moeder en zus. Hij herinnert zich hoe zijn moeder zijn vader dwong hem naar een opvangcentrum te brengen. Na de geboorte van een gezonde dochter wekte de geestelijk gehandicapte zoon haar enige afkeer op.

Charlie huurt een gemeubileerd appartement met vier kamers in de buurt van de bibliotheek. In een van de kamers regelt hij voor Algernon een driedimensionaal doolhof. Charlie meldt haar verblijfplaats niet eens aan Alice Kinnigan. Al snel ontmoette hij een buurman - een vrije kunstenaar. Om eenzaamheid kwijt te raken en ervoor te zorgen dat hij bij een vrouw kan zijn, gaat Charlie een relatie aan met een buurman. De voormalige Charlie bemoeit zich niet met de relatie, aangezien deze vrouw onverschillig voor hem is, let hij alleen op wat er van opzij gebeurt.

Charlie vindt een vader die van zijn vrouw is gescheiden en in een arme buurt een kapper heeft geopend. Hij herkent de zoon niet en hij durft niet te openen. Gordon ontdekt dat hij na zwaar drinken verandert in een verstandelijk gehandicapte Charlie. Alcohol laat zijn onderbewustzijn los, dat het snel groeiende IQ nog steeds niet heeft ingehaald.

Niets in ons verdwijnt spoorloos. De operatie omvatte Charlie met een dun laagje cultuur en onderwijs, maar hij bleef. Hij kijkt en wacht.

Nu probeert Charlie niet dronken te worden. Hij loopt lange tijd, komt een café binnen. Op een dag ziet hij een ober, een verstandelijk gehandicapte man, een dienblad met borden laten vallen en bezoekers beginnen hem uit te lachen.

Het is verbazingwekkend hoe mensen met hoge morele principes ...zichzelf nooit toestaan ​​te profiteren van een man die zonder armen, benen of ogen is geboren ... gemakkelijk en gedachteloos de spot drijven met een man die zonder reden is geboren.

Dit moedigt Gordon aan om zijn wetenschappelijke werk voort te zetten om dergelijke mensen ten goede te komen. Nadat hij een beslissing heeft genomen, ontmoet hij Alice. Hij legt uit dat hij van haar houdt, maar tussen hen staat een kleine jongen Charlie, die bang is voor vrouwen omdat zijn moeder hem sloeg.

Charlie begint in het laboratorium te werken. Hij heeft geen tijd voor een minnares en zij verlaat hem. Algernon begint vreemde aanvallen van agressie. Soms kan hij niet door zijn doolhof gaan. Charlie brengt de muis naar het lab. Hij vraagt ​​professor Nemour wat ze met hem gaan doen in geval van een storing. Het bleek dat Charlie een plaats kreeg toegewezen in de staatsschool en het ziekenhuis "Warren". Gordon bezoekt deze plek om te weten wat hem te wachten staat.

Algernon wordt erger, hij weigert eten. Charlie bereikt het hoogtepunt van mentale activiteit.

Alsof alle kennis die ik de afgelopen maanden had opgedaan bij elkaar was gekomen en mij naar het toppunt van licht en begrip had getild.

Op 26 augustus vindt Gordon een fout in de berekeningen van professor Nemour. Charlie realiseert zich dat hij binnenkort mentale regressie zal beginnen, net als die van Algernon. 15 september sterft Algernon. Charlie begraaft hem in de achtertuin. 22 september Gordon bezoekt zijn moeder en zus. Hij ontdekt dat zijn moeder seniliteit heeft. Zus is hard tegen haar, ze is blij dat Charlie ze heeft gevonden. De zus vermoedde niet dat haar moeder Charlie voor haar kwijt was. Gordon belooft hen zo lang mogelijk te helpen.

Gordons IQ daalt snel, hij wordt vergeetachtig. Boeken, voorheen geliefd, zijn nu onbegrijpelijk voor hem. Alice komt naar Gordon. Deze keer belemmert de voormalige Charlie hun liefde niet. Ze blijft enkele weken om voor Charlie te zorgen. Al snel verbant hij Alice - ze herinnert hem aan vaardigheden die niet kunnen worden teruggegeven. In de rapporten die Charlie nog schrijft, staan ​​steeds meer fouten. Uiteindelijk worden ze hetzelfde als voor de operatie.

20 november keert Charlie terug naar de bakkerij. Werknemers die hem vroeger bespotten, betuttelen en beschermen hem nu. Charlie herinnert zich echter nog steeds dat hij slim was. Hij wil niet gespaard worden en gaat naar Warren. Hij schrijft juffrouw Kinnian een afscheidsbrief waarin hij vraagt ​​om bloemen te leggen op het graf van Algernon.