De actie vindt plaats in Engeland, eind 1586 - begin 1587. Haar stiefzuster Mary Stuart, die de Engelse troon ambieert, werd op last van de Engelse koningin Elizabeth opgesloten in het kasteel van Fotringay. Haar verpleegster Anna Kennedy is bij haar. Ondanks de ontberingen en de vele moeilijkheden, blijft Mary onvermurwbaar. Ze is er herhaaldelijk in geslaagd de beveiliging om te kopen en samenzweringen tegen Elizabeth te organiseren.
Haar laatste voogd, Flying, is extreem streng jegens haar. Maar onlangs verscheen zijn neef Mortimer in Fotringey, terug van omzwervingen in Frankrijk en Italië, waar hij zich tot het katholicisme bekeerde. Daar werd hij een aanhanger van Mary en kwam nu in Engeland aan om haar te bevrijden. Aan zijn zijde staan twaalf betrouwbare krijgers die ermee instemmen om te helpen. Mortimer meldt dat Mary in Londen is berecht en ter dood is veroordeeld. De koningin waarschuwt de jongeman dat bij een mislukte ontsnapping de dood op hem wacht. Mortimer is vastbesloten Lady Stuart te willen bevrijden. Maria geeft hem toe en schrijft een brief aan Earl of Leicester in Londen, ze hoopt dat hij Mortimer en haar zal helpen.
In het Palace of Westminster aan het Queen's Court bespreken ze Elizabeths aanstaande huwelijk met de hertog van Anjou. De koningin stemde zelf met tegenzin in met dit huwelijk. Ze wordt gedwongen na te denken over de wens van haar onderdanen om een legitieme troonopvolger te hebben. Maar nu zijn Elizabeths gedachten bezig met een ander - ze moet de beslissing van de rechtbank over haar halfzus Maria goedkeuren. De meeste edellieden uit de omgeving van de koningin van Engeland, onder leiding van Lord Burley, steunden het vonnis. Alleen de oude graaf van Shrewsbury komt op voor Lady Stuart en steunt hem verlegen en graaf van Leicester.
Vliegen met zijn neef verschijnt in het paleis. De vlucht geeft Elizabeth een brief van de gevangene met het verzoek om een persoonlijke ontmoeting. Als de koningin de brief leest, verschijnen er tranen in haar ogen, de mensen om haar heen staan klaar om ze te begrijpen als een teken van genade voor haar zus. In feite vraagt de Engelse koningin Mortimer om haar rivaal in het geheim te vermoorden, maar zodat niemand zou vermoeden dat de klap door een koninklijke hand is toegebracht. Neef van Flight is het daarmee eens, omdat hij beseft dat hij alleen door bedrog de problemen van Lady Stuart kan afweren.
Alleen gelaten met de graaf van Leicester, geeft Mortimer hem een brief aan Mary. Het blijkt dat de graaf al tien jaar een favoriet is van koningin Elizabeth, maar nu ontneemt haar huwelijk met de jonge, knappe Franse hertog hem niet alleen hoop in haar hand, maar ook in haar hart. De brief van Lady Stuart inspireert hem opnieuw met hoop op de koninklijke troon. Als hij haar helpt zichzelf te bevrijden, belooft ze hem haar hand. Maar Leister is sluw en heel voorzichtig, hij vraagt Mortimer om zijn naam nooit te noemen in gesprekken, zelfs niet met zijn gelijkgestemde mensen.
De graaf stelt voor om een ontmoeting tussen Elizabeth en Mary te regelen, dan weet hij zeker dat de executie wordt geannuleerd en dat we er later over kunnen praten. Een dergelijke discretie past niet bij de jonge man; hij vraagt Leicester om de koningin van Engeland naar een van de kastelen te lokken en hem daar opgesloten te houden totdat ze beveelt om Mary vrij te laten. De graaf is daartoe niet in staat.
Leicester voert zijn plan uit. Tijdens een date met Elizabeth weet hij haar tijdens de jacht over te halen om naar Maria's kasteelgevangenis te gaan en haar onverwachts te ontmoeten tijdens haar wandeling in het park. De koningin gaat akkoord met het "extravagante" voorstel van haar geliefde.
Nietsvermoedend verheugt Maria zich over de toestemming om een wandeling in het park te maken, maar Polet deelt haar mee dat ze hier Elizabeth zal ontmoeten. In de eerste minuten van de bijeenkomst rent de mooie gevangene aan de voeten van haar gekroonde zus met het verzoek de executie af te schaffen en haar vrij te laten, maar Elizabeth probeert Lady Stuart te vernederen en herinnert haar aan haar mislukte persoonlijke leven. Niet in staat haar gekke trots te overmeesteren en omdat ze de controle over zichzelf heeft verloren, herinnert Maria haar zus eraan dat ze een onwettig kind is en niet haar rechtmatige erfgename. De boze Elizabeth vertrekt haastig.
Maria begrijpt dat ze haar hoop op verlossing met haar eigen handen heeft verpest, maar Mortimer, die kwam, meldt dat hij en zijn mensen vanavond Fotringay met geweld zullen vangen en haar zullen bevrijden. Voor zijn moed verwacht de jongeman een beloning te ontvangen - de liefde van Maria, maar ze weigert hem.
Het park rond het kasteel is gevuld met gewapende mensen. Mortimer's vriend brengt het nieuws dat een van hun aanhangers, de Toulon-monnik, de moord op Elizabeth probeerde, maar zijn dolk doorboorde alleen de mantel. Het complot is niet ontdekt, de soldaten van de koningin van Engeland zijn er al en ze moeten dringend weglopen, maar Mortimer wordt verblind door zijn passie voor Mary, hij blijft om haar te bevrijden of met haar te sterven.
Na een mislukte aanslag op het leven van Elizabeth, omdat de moordenaar een Frans staatsburger bleek te zijn, werd de Franse ambassadeur met spoed uit Engeland gezet, terwijl de huwelijksovereenkomst werd verbroken. Burley beschuldigt Leister van kwaadaardige bedoelingen, omdat hij het was die Elizabeth naar een ontmoeting met Lady Stuart lokte. Mortimer komt naar de binnenplaats, hij informeert Leicester dat tijdens een zoektocht naar Mary, concept exemplaren van haar brief aan de graaf zijn gevonden. De sluwe heer beveelt Mortimer om te worden gearresteerd, zich realiserend dat als hij meldt dat hij een samenzwering tegen Elizabeth heeft onthuld, hij in aanmerking zal worden genomen bij het beantwoorden van de brief van Maria aan hem. Maar de jongeman wordt niet in handen gegeven van de officieren en steekt zichzelf uiteindelijk neer.
Tijdens een audiëntie met Elizabeth Burley toont een brief aan Mary Stuart aan de graaf van Leicester. De vernederde koningin staat klaar om het doodvonnis voor de verdorven vrouw te bevestigen, maar Leister stormt met geweld haar kamers binnen. Hij meldt dat de monnik die na de moordaanslag is gevangengenomen slechts een schakel is in de samenzweringsketen, met als doel Lady Stewart te bevrijden en haar op de troon te brengen. Hij correspondeerde inderdaad met de gevangene, maar het was van zijn kant slechts een spel om op de hoogte te blijven van wat er gebeurde en zijn vorst op tijd te beschermen. Hij had zojuist de initiatiefnemer van de samenzwering gegrepen - Sir Mortimer, maar hij slaagde erin zichzelf te steken. De grootmoedige Elizabeth is bereid haar minnaar te geloven als hij zelf het doodvonnis van Maria zal uitvoeren.
De verontwaardigde mensen onder de ramen van het koninklijk paleis eisen de doodstraf voor Lady Stuart. Na overweging ondertekent Elizabeth desalniettemin de rechterlijke beslissing over de executie en overhandigt deze aan haar secretaris. De krant zei dat de Schotse koningin al bij zonsopgang moet worden geëxecuteerd. De secretaris twijfelt of hij dit document moet geven om de straf onmiddellijk te kunnen afdwingen, maar Lord Burley, die zich in de receptie van de koningin bevindt, scheurt het papier uit zijn handen.
Op de binnenplaats van Fotringay Castle wordt een steiger gebouwd en in het kasteel zelf neemt Maria afscheid van mensen die dicht bij haar staan. Lady Stuart is kalm, alleen privé met haar butler Melville geeft ze toe dat haar diepste verlangen zou zijn om met de katholieke biechtvader te communiceren. De oude man onthult haar dat hij de waardigheid heeft genomen en nu klaar is om haar al haar zonden te vergeven. Het laatste verzoek van Maria is dat na haar dood alles precies volgens haar wil was vervuld. Ze vraagt haar hart om naar Frankrijk gestuurd te worden en daar begraven te worden. Graaf Leicester verschijnt, hij kwam om de opdracht van Elizabeth te vervullen - om Mary naar de plaats van executie te begeleiden.
Op dit moment wacht Elizabeth in het koninklijk kasteel op nieuws van Fotringey. Een oude graaf van Shrewsbury kwam naar haar toe, die zei dat de schriftgeleerden van Mary, die in de rechtbank de schuld van hun minnares hadden getoond bij de poging tot moord op de Engelse troon, hun woorden hadden geweigerd en bekenden dat ze Lady Stuart lasterden. Elizabeth beeldt schijnbaar haar berouw uit in haar handtekening bij een rechterlijke beslissing en geeft de schuld van alle trage secretaresse. Lord Burley komt binnen. Mary Stuart geëxecuteerd. Elizabeth beschuldigt hem van haast om de straf uit te voeren. Lord Shrewsbury kondigt zijn beslissing aan om de binnenplaats te verlaten. Graaf Leicester vertrekt onmiddellijk na de executie van Mary in Frankrijk.